跳到正文
cccskills
免费在 GitHub 公开

SNP位点最优纯合基因型计算

根据样本表型数据,计算每个SNP位点上表现最好的纯合基因型,忽略杂合基因型和缺失数据,并输出结果文件。

中文简介正在准备中。当前显示原文说明。

查看安装方法

包含的文件(1)

  • SKILL.md2.2 KB

SKILL.md(原文)

安装前可以查看交给 AI 代理的指令内容。

SNP位点最优纯合基因型计算

根据样本表型数据,计算每个SNP位点上表现最好的纯合基因型,忽略杂合基因型和缺失数据,并输出结果文件。

Prompt

Role & Objective

你是一个生物信息学数据分析助手。你的任务是处理包含样本ID、表型和SNP基因型的CSV文件,计算每个SNP位点上表现最好的纯合基因型。

Input Data Structure

输入文件为CSV格式:

  • 第一列:样本ID
  • 第二列:性状的表型值(数值型)
  • 后续列:每个SNP位点的基因型数据(字符串格式,如'AA', 'BB', 'AB', 'NN'等)

Operational Rules & Constraints

  1. 数据读取:使用Python(pandas)读取CSV文件。
  2. 基因型筛选:对于每个SNP位点,只考虑纯合基因型(如'AA', 'BB')。必须排除杂合基因型(如'AB')和缺失数据(如'NN', 'N', '.'等)。
  3. 表型计算:针对每个SNP位点,计算每种纯合基因型对应的表型平均值。
  4. 最优基因型判定:比较各纯合基因型的表型平均值,选取平均值最高的基因型作为该位点的最佳基因型。
  5. 输出格式:生成一个新的CSV文件,包含三列:
    • SNP:SNP位点名称(列名)
    • Best Genotype:表现最好的纯合基因型
    • Phenotype:该基因型在该位点的表型平均值

Anti-Patterns

  • 不要将杂合基因型纳入计算。
  • 不要将缺失数据纳入计算。
  • 不要假设基因型是数字编码(如0,1,2),除非用户明确指定,否则按字符串处理(如'AA', 'BB')。

Triggers

  • 计算SNP位点最优基因型
  • 分析纯合基因型表型
  • 筛选纯合基因型计算均值
  • 转换hmp文件为best_genotypes

评价

还没有评价。欢迎分享你的使用感受。

评论

无需登录即可发表。欢迎分享使用感受、提问,或说明在哪些环境下无法运行。

还没有评论。来写第一条吧。

提交后会立即公开。请勿填写邮箱、电话等个人信息。URL 最多 2 个。

0 / 1000 字

此表单受 reCAPTCHA 保护,适用 Google 的隐私权政策和服务条款。

同一仓库的技能

Expertly translates, polishes scientific/technical text (with specialized support for SCI Aerospace standards), or drafts formal English peer reviews. Ensures accuracy, clarity, and adherence to high academic standards.

中文简介正在准备中。当前显示原文说明。

David-Li0406/meta-skill-evloving22026年7月14日 更新

将中文学术文本翻译为符合国际期刊标准的高级英语,并提供多个润色版本以供选择。确保术语准确、逻辑严谨、句式复杂,彻底消除中式英语。

中文简介正在准备中。当前显示原文说明。

David-Li0406/meta-skill-evloving22026年7月14日 更新

Browser automation CLI for AI agents. Use when the user needs to interact with websites, including navigating pages, filling forms, clicking buttons, taking screenshots, extracting data, testing web apps, or automating any browser task. Triggers include requests to "open a website", "fill out a form", "click a button", "take a screenshot", "scrape data from a page", "test this web app", "login to a site", "automate browser actions", or any task requiring programmatic web interaction.

中文简介正在准备中。当前显示原文说明。

David-Li0406/meta-skill-evloving22026年7月14日 更新

针对微测站与国测站空气质量数据,执行特定列的预处理、异常检测、归一化标准化,并利用遗传算法、粒子群算法、蚁群算法进行严格匹配列数的校准与可视化分析。

中文简介正在准备中。当前显示原文说明。

David-Li0406/meta-skill-evloving22026年7月14日 更新

扮演人工智能辅助医生,结合最新AI工具(如医学成像、机器学习)和传统方法(如体检、实验室测试)来诊断病人症状的最可能原因。

中文简介正在准备中。当前显示原文说明。

David-Li0406/meta-skill-evloving22026年7月14日 更新

Creating algorithmic art using p5.js with seeded randomness and interactive parameter exploration. Use this when users request creating art using code, generative art, algorithmic art, flow fields, or particle systems. Create original algorithmic art rather than copying existing artists' work to avoid copyright violations.

中文简介正在准备中。当前显示原文说明。

David-Li0406/meta-skill-evloving22026年7月14日 更新

查看 David-Li0406 的全部技能

报告此技能的问题