データ・AIのスキル

フローサイトメトリーやCyTOFデータから、複数の細胞を一つと数えた測定を検出・除外し、クラスタリングや定量解析の前処理を行うスキル。

• クラスタリング前のダブレット除去
• 散乱光から単一細胞を選びたいとき
• DNA量や測定時間によるCyTOFの選別

RNA-seqのカウントデータから、群間で発現量が異なる遺伝子をedgeRで調べるスキル。低発現遺伝子の除外、正規化、統計検定、結果のCSV出力まで扱います。

• 2群間の発現差を調べたいとき
• バッチ差を考慮して条件を比較したいとき
• 複数の処理群の比較を設定したいとき

変異情報を参照配列に反映し、サンプル固有のFASTA配列を作成します。ハプロタイプの選択、読み取り量の少ない領域のマスク、座標対応表の出力も扱うスキル。

• VCFからサンプル固有の配列を作りたいとき
• ハプロタイプ別に配列を出力したいとき
• 読み取り量の少ない領域を隠したいとき

細胞の測定データを保存したFCSファイルを読み込み、測定項目や試料情報を確認するスキル。データの抽出・結合・可視化・書き出しで解析前の整理を支援します。

• FCSの測定項目と付属情報の確認
• 複数試料をまとめて読み込みたいとき
• 特定の細胞や測定項目の抽出

RNA-seqのカウントデータから、RのDESeq2で条件間の遺伝子発現差を解析し、実験条件の設定から変動量の補正、有意な遺伝子の抽出まで支援するスキル。

• 処理群と対照群の発現変動遺伝子の抽出
• バッチの違いを考慮した条件比較
• 遺伝子の順位付けに向けた変動量の補正

ウイルス配列をNextcladeやpangolinで系統分類し、系統や変異の割合を集計します。採取日を使った週別の推移や、出現頻度が増えた変異の確認にも使えます。

• ウイルス配列の系統を分類したいとき
• 変異株の割合を週別に追いたいとき
• 出現頻度が増えた変異の抽出

Hi-Cの位置合わせ済み配列から、ゲノム領域同士の接触ペアを抽出・整理します。重複除去や品質・距離による選別、接触統計の作成、行列形式への変換まで扱います。

• 位置合わせ済みBAMから接触ペアを抽出
• 重複除去と接触ペアの選別
• 接触統計やペア種別の集計

CyTOFなどの細胞計測データを、基準となるビーズの信号で補正します。測定中の信号変動やバッチ間の差を整え、補正前後の可視化とFCS出力まで扱います。

• 長時間測定の信号変動を補正したいとき
• 共通参照試料でバッチ間を調整したいとき
• 補正前後のマーカー分布の比較

CRISPRで狙った場所以外が切断される候補をゲノム全体から探すスキル。Cas-OFFinderの検索結果とCFDスコアで、ガイドRNAの特異性を評価します。

• CRISPRの標的外候補を探したいとき
• 不一致数別に候補部位を集計したいとき
• CFDスコアで候補を順位付けしたいとき

プール型CRISPRスクリーニングの配列データをMAGeCKで集計・正規化し、増減した遺伝子を順位付けして、必須遺伝子や薬剤耐性の候補を調べるスキル。

• FASTQからsgRNA数を集計したいとき
• 必須遺伝子や薬剤耐性候補の探索
• 複数条件や時系列の実験を解析したいとき

ゲノム領域同士の接触を記録したHi-Cデータを読み込み、形式変換や領域ごとの行列抽出、解像度の変更、CSVやテキストへの書き出しを行うスキル。

• .hicからcooler形式への変換
• 指定ゲノム領域の接触行列の抽出
• ファイル結合と低解像度データの作成

遺伝子の働きを調べるCRISPR実験向けに、標的配列を案内するsgRNAの候補を選びます。対照の組み込み、標的外の照合、発注用配列の作成まで扱います。

• 対象遺伝子のsgRNA候補を選びたいとき
• スクリーニング用の対照ガイドの組み込み
• 標的外との一致が多いガイドの除外

プール型CRISPRスクリーニングのカウントデータを調べ、ガイドRNAの欠落や読み取り数の偏り、反復間の一致、必須遺伝子の検出状況から品質を点検するスキル。

• 候補遺伝子の選定前に品質確認したいとき
• ガイドの欠落や読み取りの偏りの調査
• 反復実験の一致を確認したいとき

CRISPR実験の配列データから、DNAの挿入・欠失や狙った配列への修復の割合を集計します。編集効率の評価、複数試料の比較、結果を確認する図やレポートの作成を支援します。

• 標的部位の編集効率を調べたいとき
• HDRによる修復効率の集計
• 複数試料や増幅領域の一括解析

CRISPRスクリーニングのカウントデータから、必須遺伝子や薬剤耐性に関わる候補を統計的に抽出し、複数手法の一致も確認するスキル。

• BAGEL2で必須遺伝子候補を探したいとき
• 薬剤感受性・耐性に関わる候補の抽出
• MAGeCK・BAGEL2・drugZの結果比較

複数のCRISPRスクリーニングをJACKSでまとめて解析し、遺伝子を狙うsgRNAの効き方の違いを考慮して、遺伝子の必須性や細胞増殖への影響を推定します。

• 複数のCRISPR実験を共同解析したいとき
• 必須遺伝子候補を順位付けしたいとき
• 効率の低いsgRNAを探したいとき

Hi-CのDNA接触データから、クロマチンの活性・不活性に対応するA/B領域を分類します。領域の分かれ方の可視化や強さの数値化、試料間の変化の比較まで支援します。

• Hi-CからA/B領域を分類したいとき
• 領域の分離の強さを可視化・数値化
• 試料間のA/B切り替わりを探したいとき

病原体のゲノム情報と採取日などの疫学情報から、感染経路を推定するスキル。感染者間のつながりや未採取症例、多くの二次感染を生んだ候補を調べます。

• 集団発生の感染連鎖を推定したいとき
• 感染連鎖の未採取症例を推定したいとき
• 推定した感染経路のネットワーク図作成

RNA-seqの発現データに含まれる測定バッチ由来の差を補正し、生物学的な条件差を保ちながら、可視化・クラスタリングや発現差解析を進めるスキル。

• 発現データを補正して分類したいとき
• 発現差解析でバッチを考慮したいとき
• 未知の変動要因を推定したいとき

フロー／マスサイトメトリーの多項目測定データから、事前に分類範囲を決めずに細胞集団を見つけます。マーカー発現に基づく細胞種の注釈や、試料別の割合の可視化も扱います。

• ゲートを事前に決めず細胞集団を探したいとき
• マーカー発現に基づく細胞種の注釈
• 試料ごとの細胞集団の割合を比べたいとき

処置群や組織、疾患状態の間で、RNAのつなぎ方の違いを解析します。BAMやTPMのデータから変化したスプライシングを検出し、統計的な有意性と変化量で候補を絞ります。

• 処置群と対照群のスプライシング比較
• 組織や疾患状態による違いを調べたいとき
• TPMからスプライシング差を調べたいとき

細菌ゲノムを複数遺伝子の配列や一塩基の違いから型別し、分離株の特徴整理、株同士の類似性比較、集団発生に関連する候補群の抽出を支援するスキルです。

• 細菌分離株の配列型を調べたいとき
• 共通遺伝子群の配列型を比較したいとき
• 集団発生に関連する候補株の群分け

複数回のCRISPRスクリーニングで生じる技術的なばらつきを補正し、ガイドRNAのカウントの正規化から反復測定の相関確認、実験単位を考慮した比較まで進めるスキル。

• 複数バッチのCRISPR実験を統合したいとき
• シーケンスの読み取り量を正規化したいとき
• 技術的な反復測定の相関を確認したいとき

血漿中のDNAから、割合の低い腫瘍由来の変異を検出するスキル。読み取り誤りの抑制を踏まえた解析や、既知の変異の割合を継続して調べる作業を支援します。

• 血漿DNAの低頻度変異を探したいとき
• UMI付きDNAデータの変異解析
• 既知の変異の割合を追跡したいとき