メール、カレンダー、タスク管理、自動化（7,546 件）
概要と使いどころ
週ごとに Notion「ナレッジカード」DB に集まったカードを読み、問いをまたいで親和図にまとめ、正（worked）と反（failed）の対立から合（提案）を出し、次の問いを決めて、「合成テーマ」DB と週の行の配下の「まとめ」ページに書き込む。「今週のカードを合成して」「W43 のまとめを作って」「ナレッジカードの合成」などの依頼で使う。カードの提出は knowledge-cards、個人の採点は evaluate-session の領域。個人別の件数ランキングや「誰が何を失敗した」は出さない。
Claude Code のセッション記録（~/.claude の履歴・セッションログ・memory）から、週ごとの問い（questions.json）に答える「ナレッジカード」を下書きし、本人が確認・修正したうえで機密スキャンを通し、Notion の「ナレッジカード」DB に提出する。引数なしなら先週（月曜〜日曜）の記録を集計し、確認のうえ Notion に提出する。「Claude Code の履歴をナレッジカードにまとめて」「先週のログからナレッジカードを作って」「ナレッジカードを提出したい」「今週のカードを出して」「週次の振り返りカードを作って」などの依頼で使う。週次のカード提出であり、個人の採点や評価ではない（セッション 1 本の採点は evaluate-session の領域）。
Detects and removes contamination in genome assemblies via two disjoint workflows - foreign-sequence screening of a single-organism (eukaryote/isolate) assembly with NCBI FCS-GX (GenBank-submission-mandatory), FCS-adaptor, and BlobToolKit blob plots; and MAG/bin quality assessment with CheckM2 plus GUNC (chimerism) plus GTDB-Tk taxonomy, judged against MIMAG. Covers why CheckM2 alone is blind to disjoint-marker chimeras, the FCS-GX RAM wall, organelle/NUMT triage, strain heterogeneity, and the HGT-vs-contamination (tardigrade) trap. Use when screening an assembly for foreign contamination before GenBank submission, assessing MAG completeness/contamination/chimerism, deciding which contigs to remove, or distinguishing real HGT from contaminant contigs.
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Aligns and QCs methylated-RNA-immunoprecipitation (MeRIP / m6A-seq) IP and input libraries using STAR or HISAT2 splice-aware mapping, samtools sort/index, IP/input matched-pair tracking, antibody-lot metadata recording, replicate concordance via deepTools multiBamSummary + plotCorrelation, IP enrichment QC via plotFingerprint and per-transcript IP/input ratio distributions, library-complexity saturation curves via PreSeq c_curve / lc_extrap, and the explicit do-NOT-deduplicate convention for standard non-UMI MeRIP. Use when preparing paired IP and input BAM files for exomePeak2 / MeTPeak / MACS3 peak calling, evaluating MeRIP replicate concordance and IP enrichment, deciding whether to deduplicate (standard MeRIP typically NOT — see Tips), choosing genome-vs-transcriptome alignment for downstream peak vs m6Anet workflows, recording antibody clone and lot metadata for downstream cross-batch reconciliation, detecting failed IPs via saturation curves and IP/input distribution shape, or generating IP-over-Input bigWig tracks for downstream visualisation.
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Identifies essential genes from CRISPR-Cas9 fitness screens using BAGEL2 (Kim & Hart 2021 Genome Med), a Bayesian classifier scoring per-gene Bayes Factors via log-likelihood ratios over per-sgRNA fold changes, calibrated against CEGv2 core-essentials (Hart 2017 G3, ~684 genes) and NEGv1 non-essentials (Hart 2014, ~927 genes). Covers the fc + bf + pr workflow, the linear-extrapolation improvement over BAGEL1 truncation, multi-target off-target correction, tumor-suppressor sensitivity (BAGEL2 detects enrichment), and BF-to-FDR calibration (BF >6 ≈ FDR 0.05 from Hart 2017). Use when classifying essential vs non-essential genes, calibrating BAGEL2 thresholds against PR curves, identifying tumor suppressors alongside essentials, comparing BAGEL2 hits to MAGeCK / drugZ, or generating publication-quality essentiality calls.
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Call copy number variants with the GATK best-practices workflows — the somatic CNV pipeline (CollectReadCounts, DenoiseReadCounts with tangent normalization, ModelSegments, CallCopyRatioSegments) and the germline GATK-gCNV pipeline (DetermineGermlineContigPloidy, GermlineCNVCaller cohort/case mode, PostprocessGermlineCNVCalls). Covers panel-of-normals construction, AnnotateIntervals/FilterIntervals, allelic-count integration, and QS-based filtering. Use when integrating CNV calling into a GATK variant pipeline, calling rare germline CNVs from an exome cohort, deciding between the somatic and germline GATK workflows, or diagnosing why tangent normalization removed a real event or why gCNV output has low precision.
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Performs structure-based virtual screening using AutoDock Vina, SMINA, GNINA (CNN scoring), and DiffDock-L hybrid workflows with explicit choice rules across rigid vs flexible docking, cross-docking vs self-docking, binding-site detection (P2Rank, fpocket), receptor preparation (PDB2PQR, PROPKA), ligand preparation (meeko, OpenBabel), and ultralarge-library screening (ZINC22, Enamine REAL). Use when screening chemical libraries against a protein target to find candidate binders, ranking docking poses, or selecting a docking workflow for a specific scenario.
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Builds and applies 3D pharmacophore models using RDKit Pharm3D, the apo2ph4 receptor-based workflow (Heider et al 2022/2023 J Chem Inf Model 63:147-158), Pharmer / Pharmit (search), and PharmacoForge (diffusion-based generation, Flynn et al 2025 Front Bioinform), covering ligand-based pharmacophore (from active set alignment) and receptor-based pharmacophore (from binding pocket geometry). Explicit handling of feature types, geometric tolerances, partial matching, and pharmacophore-based virtual screening. Use when identifying scaffold-hopping candidates, building shape-and-feature search queries, or transferring SAR across chemotypes.
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Installs 425 bioinformatics skills covering sequence analysis, RNA-seq, single-cell, variant calling, metagenomics, structural biology, and 56 more categories. Use when setting up bioinformatics capabilities or when a bioinformatics task requires specialized skills not yet installed.
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The GitHub Actions cost rules ($100/week cap). Use when editing .github/workflows, adding a schedule or cron, dispatching a workflow, publishing a package version, hitting a billing block, or seeing a CI SPEND OFF TRACK line, ci-breaker issue or spend alert.
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Run OpenSpec backlog delivery — validate BACKLOG.md, plan TaskCards, orchestrate agents by phase, review gate, and update backlog state.
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Re-explain the last deliverable in Task Card vocabulary when it did not land.
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Council-driven workflow with CCEP-1 bootstrap
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Design durable workflows with Temporal for distributed systems. Covers workflow vs activity separation, saga patterns, state management, and determinism constraints. Use when building long-running processes, distributed transactions, or microservice orchestration.
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CodeConductor pagespeed workflow
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Maps incoming work to the CodeConductor slash command and workflow skill. Use when starting a session or deciding which /cc-* command applies.
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Guides agents through scorecards, outcomes, model profiles, and eval suites. Use when running /cc-scorecard or /cc:scorecard, measuring a deliverable, or checking workflow gates with suite-run.
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Planner→Builder→EvaluatorのLong-Runningエージェントハーネスで複雑なタスクを実装します。plannerがfeatures.jsonに機能を分解し、builderがTDDで1機能ずつ実装し、evaluatorがPASSするまでbuilderを繰り返します。「〇〇を作って」「実装して」「long-running」などのリクエストで起動します。
Project workflow for PRDs, task tracking, changelog sync, and documentation updates. Use for any non-trivial task that spans multiple steps, touches several files, changes architecture, or needs project tracking updates. Also activates with @update to sync task.md, changelog.md, and files.md after completing work.
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Routes general Convex requests to the right project skill. Use when the user asks which Convex skill to use or gives an underspecified Convex app task.
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DevinへのGitHub作業の委譲と成果をCodex内ブラウザで確認し、レビュー・修正依頼・PRマージ・環境提案の採用・ローカル同期まで進める。画面での確認や操作を含むDevinへの依頼・成果採用に使う。送信や回答の取得には公式Devin MCPを優先し、相談だけ・PR作成まで等の指定を守る。
CodexとDevinがMCPまたはCLIで直接対話し、調査・実装・レビュー・修正を進める。Devinとの対話的な開発を依頼されたときに使い、質問への回答と成果の確認を往復しながら、許可されたPR作成・採用まで進める。Cloudでは公式MCP、手元のファイルや環境ではDevin CLIを使う。Devinの画面操作を指定された場合はdevin-browser-prを使う。
Prepare a private handoff to continue a task in Claude Code, Codex, or another agent; resume from an existing handoff without changing Git or executing its commands automatically. Use for "continue in Codex", "pasar a Claude", "migrar esta sesión", or "retomar este handoff".
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Render the user's morning brief as a styled HTML artifact, or set it up as a recurring weekday task. Use only when the user explicitly asks to run, see, or set up their morning brief, or if they invoke /morning by name. A question about their day, schedule, or calendar is not by itself a request for the brief; answer it directly instead.
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