リサーチ・学習のスキル

Bismarkで位置合わせした配列データから、DNAのメチル化率を抽出します。CpG・CHG・CHHのレポート作成や重複集計の回避、可視化用ファイルの準備を支援します。

• Bismark BAMからメチル化率を抽出
• ゲノム全体のシトシンレポート作成
• 読み取り位置ごとのメチル化偏りの確認

狙った塩基の置換や小さな挿入・欠失に向け、プライム編集用のガイドRNA配列を設計します。結合部分や編集の鋳型の長さを比較し、配列の組み立てまで支援します。

• 特定の点変異用ガイドを設計したいとき
• PBSの長さを比較したいとき
• 小さな挿入・欠失の鋳型設計

CRISPR実験に使うガイドRNA候補を標的DNA配列から探し、配列の特徴や予測活性で順位付けします。コード領域に絞った候補抽出やCas12a向けの設計も扱います。

• 遺伝子ノックアウト用の候補を探したいとき
• コード領域のエクソンに候補を絞りたいとき
• 標的での予測活性を比較したいとき

CRISPRで配列の挿入や置換を行うためのドナーDNAを設計します。挿入サイズに応じた形式選びから、相同配列や増幅用プライマーの設計を支援します。

• 点変異や小さな挿入用ドナーの設計
• タンパク質のタグ付加を計画したいとき
• 大きな挿入に使うドナー形式の検討

CからT、AからGへの塩基編集に向け、編集可能な範囲や周辺塩基への影響を調べ、位置ごとの効率と配列の特徴をもとにガイド候補を比較するスキル。

• CからTへのガイド候補を選びたいとき
• AからGへの編集で周辺への影響を比べたいとき
• CとAの同時編集の組み合わせ検討

採取日付きの遺伝子配列と系統樹から、感染流行の分岐時期や変異速度を推定します。時間軸付き系統樹の作成や、祖先配列・地域間の広がりの解析を支援します。

• 感染流行の起源を推定したいとき
• 時間軸付き系統樹の作成
• 祖先配列や地域間の広がりの解析

物理・数学・情報科学などのarXiv論文を、日常の言葉で検索するスキル。質問の意味に沿って公開前原稿を探し、論文本文や図へのリンクも取得できます。

• 研究テーマの査読前論文を探したいとき
• AI研究の新しい動向を調べたいとき
• 物理と数学をまたぐ文献調査

設計したタンパク質配列の立体構造や、結合相手との複合体をAlphaFold2で予測します。構造ファイルと信頼度の指標を確認し、設計の整合性を検討するスキルです。

• 設計配列の折りたたみを確認したいとき
• 結合タンパク質と標的の複合体予測
• 構造と接触面の信頼度を確認

H3K27ac ChIP-seqデータから、遺伝子発現の制御領域が集まるスーパーエンハンサーを抽出します。ROSEによる領域の連結・順位付けと条件間比較を扱います。

• H3K27acから候補領域を抽出したいとき
• 条件間のスーパーエンハンサー比較
• スーパーエンハンサーの近傍遺伝子への対応付け

標的に結合するタンパク質の設計に向けて、BoltzGenやBindCraftなどの特徴を比較し、目的に合うツール選びから検証・候補選別までの流れを整理するスキル。

• タンパク質設計ツールを選びたいとき
• 設計から検証までの計画づくり
• 多様な候補構造を探索したいとき

科学論文を検索し、全文から抽出された実験方法、定量的な結果、サンプル数、品質評価などを取得します。要旨だけでは分からない実験の詳細を集め、研究間の比較に使えます。

• 体系的・探索的レビュー用の論文収集
• 研究ごとの実験方法を比較したいとき
• 数値結果とサンプル数を集めたいとき

分子同士の結合を調べるSPR・BLI実験の計画と結果の解釈を支援します。測定方式の選択から、信号不足や非特異的な結合への対処、解析品質の確認まで扱います。

• 試料に合うSPR・BLIを選びたいとき
• 結合信号が弱い・出ない原因の検討
• 非特異的結合や物質移動の影響の低減

薬と標的タンパク質の結合測定値をBindingDBから検索し、候補化合物の比較、複数標的への結合の確認、機械学習用データの準備を支援するスキル。

• 標的に結合する化合物を探したいとき
• 類似化合物の結合測定値を比較
• 化合物が結合する複数標的の確認

遺伝子変異の病原性分類、レビュー状況、関連疾患をClinVarで調べるスキル。APIでの個別検索や手元の変異ファイルへの一括注釈に対応します。

• 変異IDやHGVS表記で登録内容を調べたいとき
• 特定遺伝子の病原性変異を探したいとき
• レビュー状況や分類の不一致の確認

画面や機能の変更効果を数値で確かめるために、仮説、比較する案、主要指標、必要な対象者数と実施期間を整理し、A/Bテストの計画を作るスキル。

• 現行画面と変更案を比較したいとき
• 変更の成功指標を決めたいとき
• 必要な対象者数と期間の検討

ユーザーの経験や行動の理由を聞き出す、調査用のインタビュー台本を作るスキル。導入から深掘り、締めくくりまで、誘導を避けた質問と進行メモを整えます。

• ユーザーインタビューの台本作成
• 誘導的な質問を見直したいとき
• 過去の経験を深掘りする質問作成

数日から数週間にわたる利用者の行動や体験を調べる日記調査について、記録の問い、頻度、参加条件、途中確認、分析方法まで具体的な計画にまとめるスキル。

• 数週間の日常利用を調べたいとき
• 毎日・出来事別の記録項目の設計
• 参加説明と途中確認の計画

行動データと利用者の発言が食い違うときに、問いや対象者の違いを整理します。判断に使う根拠を見極め、どちらの説明が妥当かを確かめる追加調査を１つ設計します。

• 離脱データと好意的な声の比較
• 集計値に表れない不満の調査
• 指標改善と体験悪化の食い違いの検討

複数のインタビューや観察記録、アンケートの記述を内容の近さで分類し、参加者ごとの根拠を保ちながら共通テーマと設計上の示唆をまとめるスキル。

• 複数インタビューを横断して整理
• 観察メモやアンケート記述の分類
• 設計に生かす調査結果の優先順位付け

調査で得た知見を調査記録や元データと結び付け、タグと更新ルールを整えて、チームをまたいで探し直し、再利用できる調査情報の保管・運用方法を設計するスキル。

• 新しい調査の前に過去の根拠を探したいとき
• チーム間で調査結果のタグを統一したいとき
• 知見と調査記録・元データを結び付けたいとき

インタビューや観察の記録から、利用者の発言・思考・行動・感情を一枚のマップに整理するスキル。目標や困り事、設計への示唆、追加で調べるべき点もまとめます。

• インタビューや観察記録をマップにしたいとき
• 特定の利用者層への理解を共有したいとき
• 利用者の目標・不満・設計への示唆の整理

利用者の意見や満足度を数値で把握するために、誘導を避けた質問文、回答尺度、対象者の選び方を設計し、結果の集計・分析方針まで整理するスキル。

• インタビュー結果を数値で確かめたいとき
• 満足度の変化を追いたいとき
• 特定の利用者層への調査設計

ユーザーインタビュー１回分の文字起こしを、主要テーマや発言の引用、課題、次の対応に整理するスキル。本人が明言した内容と推測を区別し、関係者に共有しやすくまとめます。

• インタビュー直後に記録を要約したいとき
• 利用者の課題を発言とともに整理したいとき
• 調査の発見を関係者に共有したいとき

範囲を定めた調査課題に対し、ウェブ情報とデータ実験を組み合わせて検証するスキル。根拠・留意点・実験記録を残し、結論または判断保留の結果を整理します。

• データで仮説を検証したいとき
• 既存ベンチマークで方式を比較
• リリース間の違いを調べたいとき