リサーチ・学習のスキル

PCR・RT-qPCR用プライマーの候補設計と既存配列の点検を行い、反応条件に応じた構造予測や目的外の増幅を調べ、参照配列と座標を記録します。

• PCR用プライマーを設計したいとき
• 既存プライマーの構造や増幅先の点検
• 接合部や転写産物を狙う測定系の設計

Paperzillaの研究プロジェクトから推薦論文を探し、内容や研究との関連を整理します。Markdownでの要約、推薦への評価、JSON出力にも対応します。

• 研究プロジェクトの新着推薦を確認したいとき
• 論文の要点と研究との関連を知りたいとき
• 論文や推薦をJSONで出力したいとき

科学論文や研究概要に必要な文献を集め、主張を支える根拠や反対の知見を整理します。参考文献、研究比較表、主張と出典の対応表をまとめ、執筆の準備を支援します。

• 論文の背景文献を集めたいとき
• 支持・反対・差のない研究結果の比較
• 研究比較表と主張・出典対応表の作成

実験装置の配置や分注手順をPyLabRobotで設計・レビューし、液量やチップ容量の検査と、実機を動かさないオフラインシミュレーションを支援するスキル。

• 分注計画をレビューしたいとき
• 容器の配置や容量を確認したいとき
• 実機なしで手順を確認したいとき

最新のWeb情報を調べ、出典を伴うレポートや一覧データにまとめます。Parallel CLIで検索・ページ抽出・企業情報などの補完・条件に合う対象の発見・定期監視を扱います。

• 最新情報の調査と学術資料の探索
• 公開WebページやPDFの本文抽出
• 企業・製品一覧への出典付き情報追加

リチウムイオン電池の充電・放電・休止をPyBaMMでシミュレーションし、電圧や容量の変化を調べます。計算条件による誤差の確認や実測データとの比較も支援します。

• 充放電・休止時の電圧を予測したいとき
• 実測の充放電データと比較したいとき
• 数値計算の設定による差を調べたいとき

科学論文や研究計画の主張と根拠を照合し、方法・統計・再現性・倫理・図表を点検して、確認できた資料に基づく具体的で建設的な査読コメントの下書きを作ります。

• 論文の根拠に沿った査読案を作りたいとき
• 方法・統計・再現性の記載を確認したいとき
• 報告ガイドラインと記載漏れを確認したいとき

研究初期のアイデアを出し、前提や根拠、不確実性を分けて整理します。反対意見や評価理由も残しながら、次に検討する研究方向の優先順位づけを支援します。

• 新しい研究テーマの方向性を探る
• 研究会議の前に候補案を整理する
• 明示した評価基準で研究案を比較する

クライオ電子顕微鏡の単粒子解析で、粒子データの整合性確認からRELIONによる三次元構造の精密化、独立した半マップの検証・後処理までを進めるスキル。

• 粒子メタデータと画像の整合性確認
• 選別済み粒子を精密化したいとき
• 独立した半マップの一致度確認

合金の組成・圧力・温度と熱力学データベースを指定し、平衡状態で存在する相の割合や組成を計算して、物質収支と計算条件への安定性を確認するスキル。

• 合金組成から平衡相の割合を求めたいとき
• 指定温度ごとの安定相の比較
• 物質収支とサンプリング安定性の確認

分子の性質予測や立体構造の探索、タンパク質との結合姿勢の推定をクラウドで進めます。Python APIで多数の化合物をまとめて処理し、複数の計算をつなげます。

• 化合物ライブラリの性質を予測したいとき
• 分子の立体配座や互変異性体の探索
• タンパク質との結合姿勢を調べたいとき

量子回路を作り、手元のシミュレーションからIBMの量子実機での実行まで支援します。実機の制約に合わせた回路変換や、測定結果・誤差の確認も扱うスキル。

• 量子回路を手元で作成・試行したいとき
• IBMの量子実機向けに回路を変換したいとき
• 測定結果や期待値を比較したいとき

公開されているがんのCT・MR・PET画像や病理画像を、条件に合わせて検索・取得します。データの絞り込み、ブラウザでの閲覧、利用条件や引用の確認も支援します。

• がん種・撮影方式・部位で画像を探したいとき
• 選んだDICOM画像の一括取得
• 放射線画像や病理画像のブラウザ閲覧

20以上の生命科学データベースを横断し、遺伝子情報や配列、タンパク質構造、発現・疾患との関連をCLIやPythonから手早く調べるスキル。

• 遺伝子の詳細と配列を調べたいとき
• タンパク質の構造や残基注釈の確認
• 組織での発現や疾患との関連の比較

複数の学術データベースを使う文献検索から選別、研究結果の統合、引用確認までを支援します。検索条件や除外理由を記録し、MarkdownやPDFのレビューにまとめます。

• 論文や学位論文の先行研究の整理
• 再現できる文献検索を記録したいとき
• 文献の選別判断や除外理由の管理

タンパク質発現やRNA合成などの実験をGinkgo Cloud Labへ依頼するために、手法の選択から入力資料の準備、料金確認、ブラウザでの注文まで支援するスキル。

• タンパク質発現・精製手法の選択
• mRNA・circRNA合成の入力準備
• 熱安定性試験や測定法導入の検討

創薬候補の化合物を、医薬品らしさの経験則、注意が必要な分子構造、複雑さの指標で評価し、複数条件による候補の絞り込みと判定理由の記録を支援するスキル。

• 医薬品らしさの基準で化合物を選別
• PAINSなどの注意構造を確認したいとき
• 物性・構造・複雑さの条件を組み合わせる

タンパク質や低分子の分子動力学シミュレーションを、構造の準備から計算、解析まで支援し、構造の変化や揺らぎ、分子間の接触を調べるスキル。

• 変異後のタンパク質の安定性を調べたいとき
• 構造の変化や揺らぎを数値化したいとき
• タンパク質と低分子の接触を追いたいとき

タンパク質に糖鎖が付く候補位置を配列から調べ、変異案や予測・構造解析の準備を支援します。抗体の糖鎖比較や、実験で得た部位情報の解釈にも使えます。

• 配列から糖鎖修飾候補を探したいとき
• 変異案を作り配列を再確認したいとき
• 抗体Fcの糖鎖を比較したいとき

薬剤・遺伝子・疾患の関係を、種類や探索範囲を指定してARAXで調べます。直接の関係や中間要素を一つ挟む経路を取得し、出典や関連文献も確認するスキル。

• 薬剤と遺伝子の関係を調べたいとき
• 薬剤と疾患を結ぶ経路の探索
• 関連文献と元データの出典確認

生物医学論文や規制当局の文書、臨床試験情報を検索し、複数資料から必要な情報を抽出して、根拠の行にリンクした引用付きで整理するスキル。

• テーマに合う生物医学論文の検索
• 複数論文の方法と結果の比較
• 規制文書や臨床試験を調べたいとき

1000 Genomes Projectの3,202人を対象に、条件に合う遺伝的変異や保有者を検索し、変異の頻度、参加者間の血縁関係まで調べるスキル。

• 条件に合う変異の保有者を探したいとき
• 指定した参加者の変異を調べたいとき
• 参照配列と両コピーが一致する人の抽出

PacBio HiFiの腫瘍・正常ペアの未整列BAMから、nf-core/pacsomaticの実行ファイルを作り、ローカル起動や計算クラスタへの投入を支援するスキル。

• 腫瘍・正常ペアの試料一覧を作りたいとき
• ドライランで実行ファイルを確認したいとき
• 計算クラスタに起動ジョブを投入したいとき

海水の独立した２種類の測定値から、pHや炭酸イオン、鉱物の飽和度を計算します。実験室から現場条件への換算や、測定誤差が結果に及ぼす影響も扱います。

• 海水の測定値から炭酸系を計算したいとき
• アラゴナイトやカルサイトの飽和度評価
• 実験室の値を海中条件へ換算したいとき