リサーチ・学習のスキル

タンパク質や低分子の分子動力学シミュレーションを、構造の準備から計算、解析まで支援し、構造の変化や揺らぎ、分子間の接触を調べるスキル。

• 変異後のタンパク質の安定性を調べたいとき
• 構造の変化や揺らぎを数値化したいとき
• タンパク質と低分子の接触を追いたいとき

PacBio HiFiの腫瘍・正常ペアの未整列BAMから、nf-core/pacsomaticの実行ファイルを作り、ローカル起動や計算クラスタへの投入を支援するスキル。

• 腫瘍・正常ペアの試料一覧を作りたいとき
• ドライランで実行ファイルを確認したいとき
• 計算クラスタに起動ジョブを投入したいとき

生物医学論文や規制当局の文書、臨床試験情報を検索し、複数資料から必要な情報を抽出して、根拠の行にリンクした引用付きで整理するスキル。

• テーマに合う生物医学論文の検索
• 複数論文の方法と結果の比較
• 規制文書や臨床試験を調べたいとき

海水の独立した２種類の測定値から、pHや炭酸イオン、鉱物の飽和度を計算します。実験室から現場条件への換算や、測定誤差が結果に及ぼす影響も扱います。

• 海水の測定値から炭酸系を計算したいとき
• アラゴナイトやカルサイトの飽和度評価
• 実験室の値を海中条件へ換算したいとき

作成済みの系統樹や階層ツリーを読み込み、枝の編集、注釈、構造の比較を行います。ETE 4を使い、大きな木の対話的な探索や論文用の図の出力にも対応します。

• 指定した種の抽出や根の変更をしたいとき
• 2つの系統樹の構造を比較したいとき
• NCBIやGTDBの分類情報を付けたいとき

Benchlingの配列・試料・実験ノートをPythonやAPIで扱い、配列の取り込みや書き出し、保管場所ごとの在庫確認など、研究データの定型処理を自動化するスキル。

• FASTAファイルからDNA配列を取り込みたいとき
• 保管場所ごとの試料在庫を確認したいとき
• 指定した項目定義の配列をCSV出力したいとき

公開された遺伝子変異の証拠や関連論文、遺伝子と疾患の関係を調べ、出典と検索結果の状態を保ちながら、専門家による確認に向けて整理するスキル。

• 単一変異の公開証拠を確認したいとき
• 特定した変異の関連論文を探したいとき
• 遺伝子と疾患の関係の調査

科学論文をテーマやDOIで検索し、本文から抽出された主張と実験・統計・限界を確認します。出典をたどれる根拠表の作成や、要旨だけでは分からない詳細の調査を支援します。

• 研究テーマに合う論文を探したいとき
• 要旨にない実験条件を調べたいとき
• 出典付きの根拠表の作成

MRIや脳波などの研究データを共通規格BIDSに沿って整理し、ファイル検索、規格への適合確認、DICOM変換、付随情報の作成を支援します。

• MRIや脳波データを規格に沿って整理
• 参加者・セッション・課題別の検索
• DICOM変換と付随情報の作成

科学・規制・経済などのデータベースから、条件を指定して情報を取得します。取得件数や検索条件、参照日を記録し、同じ調査を再現できる形で結果をまとめます。

• 識別子から遺伝子や化合物を調べたいとき
• 条件に合う臨床試験を集めたいとき
• 出典付きで経済統計を取得したいとき

科学・技術分野の情報をExaで検索し、学術資料を優先した候補探しや、複数URLのページ・PDF本文の一括抽出を進めるリサーチ用スキル。

• 研究テーマの論文や一次資料探し
• 学術・研究機関サイトに絞った検索
• 複数URLの記事やPDF本文の抽出

臨床意思決定支援の研究に使う評価資料や分析計画を作成・点検します。集計・合成データを対象に、根拠や確認状況を整理し、診療には使わない文書作成を支えます。

• 研究用モデルの評価資料を整えたいとき
• エビデンス資料と出典の対応確認
• 生存時間解析の計画を点検したいとき

気体の化学反応を定容・定圧の条件で計算し、温度上昇から着火遅れを求めます。温度や成分の時間変化を出力し、保存則の確認と計算条件を細かくした比較まで進めます。

• 定容・定圧条件の着火遅れ計算
• 温度や成分の時間変化を調べたいとき
• 反応モデルごとの着火遅れ比較

代謝ネットワークのモデルを使い、反応を流れる物質量や遺伝子欠損の影響、培地条件、生産量の範囲をCOBRApyで計算し、実験に向けた仮説を検討するスキル。

• 代謝反応の流れと変動範囲の計算
• 遺伝子欠損の影響を比較したいとき
• 最小培地や生産量の範囲の検討

タンパク質に小分子が結合する位置と向きの候補を予測します。単一ペアや複数条件のドッキングを進め、信頼度による候補整理と構造の検証を支援するスキルです。

• タンパク質と小分子の結合姿勢予測
• 一括ドッキングの入力準備と検証
• 受容体の構造別に姿勢を比較したいとき

DNA変異が遺伝子の働きに及ぼす影響を、計算済みデータとモデル予測で調べます。候補の順位付けから組織別の影響、スコアの根拠の確認まで支援します。

• VCFの候補変異を順位付けしたいとき
• 組織別の遺伝子発現への影響調査
• 変異前後のDNA予測を比較したいとき

タンパク質配列をクラウド実験室へ送り、結合や熱安定性などの測定を進めます。実験条件の設計から費用見積もり、依頼、進捗確認、結果取得までを支援します。

• 候補配列の結合実験を設計したいとき
• 実験依頼前の費用見積もり
• 実験の進捗確認と結果取得

次世代シーケンスの解析データを整え、試料間の比較や品質確認、ヒートマップ作成を進めます。BAMからbigWigへの変換と、実験に応じた正規化も扱います。

• BAMを正規化してbigWigに変換
• シーケンス品質や反復試料の一致確認
• 転写開始点周辺のヒートマップ作成

流体シミュレーションの計画、設定点検、結果解析、再開条件の確認を支援します。FluidSimで計算資源の上限を整理し、数値的な妥当性を確かめます。

• 計算手法とパラメータを見直したいとき
• メモリ・ディスク・実行時間の見積もり
• スペクトルや保存量の収支を点検

データ収集前に、研究の目的に合う実験方法や対象の割り付け、実施順序を設計し、条件の混同や反復の数え違いを避けるための配置表作成を支援するスキル。

• 被験者や試料の無作為割り付け
• 複数の実験要因を絞り込みたいとき
• バッチ・日・プレート位置を考慮した配置

学術論文を複数のデータベースで探し、著者・掲載誌などの書誌情報を確認してBibTeX形式に整理します。参考文献の重複や記載漏れ、原稿との対応も点検できます。

• 複数の学術データベースで論文を探したいとき
• DOIをBibTeXに変換したいとき
• 参考文献の重複を整理したいとき

社会科学や隣接する人文学の関心を研究課題へ絞り込み、文献整理から証拠の検討、新規性や実行可能性の点検、論文での主張の強さの調整まで支援します。

• 広い関心から研究質問を絞りたいとき
• 文献整理と未解決問題の把握
• 査読者の視点で新規性を点検したいとき

提供された一本の論文を精読し、研究の出発点や設計の役割、数式の具体例、図表と結論の整合性を読み解き、証拠が支える範囲までMarkdownの解説にまとめます。

• 後続研究の前に論文を深く理解したいとき
• 論文紹介の発表準備
• 数式を具体的な数値で理解したいとき

論文の各主張を支えるNature系列やCNS関連誌の文献を探し、要旨や出版社ページで根拠を確認して、主張との対応表と文献管理用ファイルに整理します。

• Nature系列の引用を補いたいとき
• 段落ごとの根拠文献の整理
• 引用候補の裏付けを確認したいとき