K-Dense

強化学習で使うPufferLibの版ごとの違いを整理し、環境の検証、並列実行、学習・評価の計画作成、保存モデルの読み込み前の確認までを支援するスキル。

• PufferLibの版に合うAPIを選びたいとき
• 学習前に環境の動作を検証したいとき
• 学習と評価のシードを分けて計画したいとき

実験動物の体重・体温・臨床スコアなどを基準集団に対する負担スコアへまとめ、個体ごとの推移、指定時点の探索的な予測、注意域の候補を分析するスキル。

• 動物の観測指標を日別スコアにまとめたいとき
• 共通の基準で群間の負担を比較したいとき
• 指定観測時点の負担を探索的に予測したいとき

質量分析データの変換・前処理からピーク検出、複数試料の定量表作成まで進めます。タンパク質や代謝物の解析に向け、同定結果の絞り込みやグラフ出力も支援します。

• 質量分析ファイルの確認と前処理
• 複数試料の定量表を作りたいとき
• 精密質量から代謝物候補を調べたいとき

科学論文や研究計画の主張と根拠を照合し、方法・統計・再現性・倫理・図表を点検して、確認できた資料に基づく具体的で建設的な査読コメントの下書きを作ります。

• 論文の根拠に沿った査読案を作りたいとき
• 方法・統計・再現性の記載を確認したいとき
• 報告ガイドラインと記載漏れを確認したいとき

分子構造データの読み書きから、分子量などの特性計算、類似分子・部分構造の検索、反応処理、2D・3D構造の生成まで、Pythonで細かく制御するスキル。

• 分子データの特性を一括計算したいとき
• 構造が似た分子を探したいとき
• 特定の部分構造で分子を絞り込む作業

薬剤・遺伝子・疾患の関係を、種類や探索範囲を指定してARAXで調べます。直接の関係や中間要素を一つ挟む経路を取得し、出典や関連文献も確認するスキル。

• 薬剤と遺伝子の関係を調べたいとき
• 薬剤と疾患を結ぶ経路の探索
• 関連文献と元データの出典確認

PacBio HiFiの腫瘍・正常ペアの未整列BAMから、nf-core/pacsomaticの実行ファイルを作り、ローカル起動や計算クラスタへの投入を支援するスキル。

• 腫瘍・正常ペアの試料一覧を作りたいとき
• ドライランで実行ファイルを確認したいとき
• 計算クラスタに起動ジョブを投入したいとき

複数の学術データベースを使う文献検索から選別、研究結果の統合、引用確認までを支援します。検索条件や除外理由を記録し、MarkdownやPDFのレビューにまとめます。

• 論文や学位論文の先行研究の整理
• 再現できる文献検索を記録したいとき
• 文献の選別判断や除外理由の管理

一次元NMRの生信号をスペクトルに変換し、位相・ベースライン補正からピーク候補の抽出、符号付き積分までを、処理条件の記録とともに進めるスキル。

• 一次元NMRの生信号を処理したいとき
• 基準信号とピーク位置を照合したいとき
• 位相とベースライン補正の点検

タンパク質発現やRNA合成などの実験をGinkgo Cloud Labへ依頼するために、手法の選択から入力資料の準備、料金確認、ブラウザでの注文まで支援するスキル。

• タンパク質発現・精製手法の選択
• mRNA・circRNA合成の入力準備
• 熱安定性試験や測定法導入の検討

PDFやOffice文書などを、見出しや表の構造を保ったMarkdownに変換します。一括処理や論文整理にも対応し、検索・テキスト分析・AIへの資料取り込みを支援します。

• PDFやOffice文書のMarkdown化
• 資料フォルダを一括変換したいとき
• 論文を出典情報付きで整理したいとき

心電図・呼吸・皮膚電気活動などの生体信号をNeuroKit2で研究分析するために、前処理、時刻合わせ、心拍変動や刺激前後の解析手順の構築・点検を支援します。

• 前処理前に生体信号の品質を点検
• 研究用の心電図・心拍変動解析
• イベント区間と基準補正の設計

Pythonで地点や区域の地理データを加工・分析し、座標系や図形の不備、空間結合の重複を点検しながら、保存・共有時の検証まで支援するスキル。

• 分析前に地理データを点検したいとき
• 座標系や変換方法を確認したいとき
• 地点と区域の結合結果を点検したいとき

PubMedやarXivなど18の学術APIを目的に応じて選び、論文・プレプリント・引用関係・公開全文を探して、検索条件や取得元を再確認できる形で結果をまとめます。

• 研究テーマの論文・プレプリント検索
• DOI・PMID・arXiv IDで論文を照会
• 公開されている全文やPDFを探したいとき

医療機器や試験・医療検査室のISO関連資料を整理し、証拠記録の構造を確認します。文書・リスク管理・是正処置の不足を、人によるレビュー用にまとめます。

• 管理文書と実施記録を整理したいとき
• 医療機器のリスク・設計記録の照合
• 是正処置と供給者管理の証拠確認

観察や予備的な結果から、検証できる研究仮説と対立する説明を整理します。予測・測定方法・分析計画を具体化し、根拠の範囲を明示した研究計画づくりを支援します。

• 観察から検証可能な仮説を立てたいとき
• 対立する説明と予測を比較したいとき
• 測定方法と分析計画を整理したいとき

小分子の構造を、類似性検索や活性・物性予測に使う数値データへ変換します。Molfeatで複数の表現を選び、無効な入力の除外とラベルの対応維持、設定保存まで扱います。

• 活性・物性予測用の特徴量作成
• 類似性検索に使う分子表現の選択
• 無効な分子を除いて実験値と対応付け

タンデム質量分析（MS/MS）の測定データを整え、ピークの選別や類似度計算、参照ライブラリとの照合を通じて化合物候補を調べるPython向けスキル。

• MS/MSデータの前処理と測定情報の統一
• 参照ライブラリから化合物候補を探したいとき
• 類似度と一致ピーク数による比較

LabArchivesの電子実験ノートと研究室の在庫管理をAPIで連携するために、接続先の選択、認証用の署名作成、送信前の計画やローカルファイル検査を支援します。

• 電子実験ノートのAPI連携を設計したいとき
• 研究室の在庫管理APIの認証確認
• LA containerのローカル検査

プール型CRISPRスクリーニングの配列データやカウント表を解析します。ガイドライブラリと反復実験の品質を確認し、増加・減少した遺伝子を効果量と統計指標付きで順位付けします。

• FASTQからガイド別リードを集計したいとき
• ライブラリと反復実験の品質確認
• 処理群と対照群のスクリーニング比較

数値計算コードの作成・レビューやバージョン移行、再現可能なプロジェクトの準備を支援します。MATLABとGNU Octaveの違いを踏まえ、データ交換や実行計画も整理します。

• 配列演算や数値誤差を見直したいとき
• MATLABの移行と互換性を確認したいとき
• 再現可能な構成とテスト雛形の準備

統計、年表、比較、手順などを説明する図解画像を文章から生成し、用途別の品質レビューと再生成を支援します。提供データや任意の調査結果を材料にできます。

• 報告書の統計を図解したいとき
• プロジェクトの節目を年表にする
• 商品の特徴を視覚的に比較する

生物学のデータセットやモデルをLaminDBで管理し、表の構造・型の検証、標準用語による注釈、解析の入出力や変更履歴の記録を通じて、再現可能なデータ整理を支援します。

• 生物学のデータセットを登録・整理
• DataFrameやAnnDataのメタデータ検証
• 生物学の標準用語で注釈を整理

人や物のつながりをPythonで分析・可視化し、重要な点や集団、最短経路を調べます。表データの読み込みから、検証用ネットワークの生成、結果の保存まで扱います。

• SNSの重要人物や集団を調べたいとき
• 交通網の最短経路を求めたいとき
• 論文の引用関係を可視化したいとき