K-Dense

ラベル付き文章データから仮説候補を作るLLM処理の計画と監査を支援します。設定やデータ分割の確認、費用見積もり、保存済み予測の評価まで扱います。

• 実行前にタスク設定を点検したいとき
• 学習・テスト間の重複を調べたいとき
• モデル呼び出し前に費用を見積もりたいとき

科学分野のデータセットやAIモデル、手法解説、デモをカタログから探し、研究目的に合う候補を比較します。ライセンスや入力形式、実際に使うための実行環境も確認します。

• タンパク質やゲノム解析モデルの探索
• 科学系機械学習のデータを選びたいとき
• ライセンスや実行環境を比較したいとき

科学計算やデータ処理のPythonコードをNVIDIA GPU向けに最適化します。計算結果の一致を確かめ、データ転送を含む処理時間を測って移行の効果を判断します。

• 遅いPython処理のGPU適性を調べたいとき
• NumPyやpandasのGPU移行
• CPU版とGPU版の計算結果の検証

複数の学術データベースを使う文献検索から選別、研究結果の統合、引用確認までを支援します。検索条件や除外理由を記録し、MarkdownやPDFのレビューにまとめます。

• 論文や学位論文の先行研究の整理
• 再現できる文献検索を記録したいとき
• 文献の選別判断や除外理由の管理

生物医学論文や規制当局の文書、臨床試験情報を検索し、複数資料から必要な情報を抽出して、根拠の行にリンクした引用付きで整理するスキル。

• テーマに合う生物医学論文の検索
• 複数論文の方法と結果の比較
• 規制文書や臨床試験を調べたいとき

一次元NMRの生信号をスペクトルに変換し、位相・ベースライン補正からピーク候補の抽出、符号付き積分までを、処理条件の記録とともに進めるスキル。

• 一次元NMRの生信号を処理したいとき
• 基準信号とピーク位置を照合したいとき
• 位相とベースライン補正の点検

実験器具に合わせたホルダーや治具、流路チップなどを寸法変更できるCADモデルで設計します。規格寸法と形状を確認し、製作用のSTEP・STL・DXFを出力します。

• プレート・キュベット・チューブの保持具設計
• 光学定盤用のマウントやアダプター製作
• 流路チップや型のモデリング

1000 Genomes Projectの3,202人を対象に、条件に合う遺伝的変異や保有者を検索し、変異の頻度、参加者間の血縁関係まで調べるスキル。

• 条件に合う変異の保有者を探したいとき
• 指定した参加者の変異を調べたいとき
• 参照配列と両コピーが一致する人の抽出

PDFやウェブ、音声などの研究資料をノートにまとめ、出典付きの対話や検索、要約などの変換、複数話者のポッドキャスト生成を支援するスキルです。

• PDFやウェブ資料をまとめたいとき
• 資料に出典付きで質問したいとき
• 独自の要約や文章変換

数値計算コードの作成・レビューやバージョン移行、再現可能なプロジェクトの準備を支援します。MATLABとGNU Octaveの違いを踏まえ、データ交換や実行計画も整理します。

• 配列演算や数値誤差を見直したいとき
• MATLABの移行と互換性を確認したいとき
• 再現可能な構成とテスト雛形の準備

研究ノートや手順書をMarkdownでまとめ、工程・関係・時系列をMermaidで図解し、編集可能な図のソースと表示先に応じた確認を支援するスキル。

• 研究ノートに手順の図を添えたいとき
• データ構造や関係を図解したいとき
• プロジェクトの時系列を整理したいとき

20以上の生命科学データベースを横断し、遺伝子情報や配列、タンパク質構造、発現・疾患との関連をCLIやPythonから手早く調べるスキル。

• 遺伝子の詳細と配列を調べたいとき
• タンパク質の構造や残基注釈の確認
• 組織での発現や疾患との関連の比較

タンデム質量分析（MS/MS）の測定データを整え、ピークの選別や類似度計算、参照ライブラリとの照合を通じて化合物候補を調べるPython向けスキル。

• MS/MSデータの前処理と測定情報の統一
• 参照ライブラリから化合物候補を探したいとき
• 類似度と一致ピーク数による比較

小分子の構造を、類似性検索や活性・物性予測に使う数値データへ変換します。Molfeatで複数の表現を選び、無効な入力の除外とラベルの対応維持、設定保存まで扱います。

• 活性・物性予測用の特徴量作成
• 類似性検索に使う分子表現の選択
• 無効な分子を除いて実験値と対応付け

PubMedやarXivなど18の学術APIを目的に応じて選び、論文・プレプリント・引用関係・公開全文を探して、検索条件や取得元を再確認できる形で結果をまとめます。

• 研究テーマの論文・プレプリント検索
• DOI・PMID・arXiv IDで論文を照会
• 公開されている全文やPDFを探したいとき

統計、年表、比較、手順などを説明する図解画像を文章から生成し、用途別の品質レビューと再生成を支援します。提供データや任意の調査結果を材料にできます。

• 報告書の統計を図解したいとき
• プロジェクトの節目を年表にする
• 商品の特徴を視覚的に比較する

薬剤・遺伝子・疾患の関係を、種類や探索範囲を指定してARAXで調べます。直接の関係や中間要素を一つ挟む経路を取得し、出典や関連文献も確認するスキル。

• 薬剤と遺伝子の関係を調べたいとき
• 薬剤と疾患を結ぶ経路の探索
• 関連文献と元データの出典確認

流れを撮影した2枚の粒子画像から、各地点の速度と向きを求めます。OpenPIVで画像の前処理、誤ったベクトルの補正、渦度・ひずみ速度の計算、可視化まで扱います。

• 実験画像から速度分布を求めたいとき
• 不正な速度ベクトルの検出と補間
• 渦度とひずみ速度の計算

Pythonの処理をModalのクラウドで動かし、GPUを使うAIモデルの学習・推論、API公開、定期ジョブや並列処理の構築を支援するスキル。

• AIモデルをAPIとして公開したいとき
• クラウドGPUで学習・追加学習
• 独立したバッチ処理の並列実行

Neuropixelsの神経記録を読み込み、ノイズ処理や電極との位置ずれの補正、神経細胞ごとの信号分離、品質評価、確認用の図やデータの出力まで支援します。

• SpikeGLX・Open Ephys・NWBの確認と前処理
• 信号分離前の位置ずれを確認・補正したいとき
• 品質指標に基づいて解析対象を選びたいとき

観察や予備的な結果から、検証できる研究仮説と対立する説明を整理します。予測・測定方法・分析計画を具体化し、根拠の範囲を明示した研究計画づくりを支援します。

• 観察から検証可能な仮説を立てたいとき
• 対立する説明と予測を比較したいとき
• 測定方法と分析計画を整理したいとき

病理の全スライド画像から組織領域を見つけ、学習用の小画像を切り出します。抽出位置の確認や染色の色調統一、患者単位でのデータ分割まで支援するスキル。

• 病理画像から学習用画像を抽出したいとき
• 組織マスクと抽出位置を確認したいとき
• H&E染色の色調を統一したいとき

Pythonで地点や区域の地理データを加工・分析し、座標系や図形の不備、空間結合の重複を点検しながら、保存・共有時の検証まで支援するスキル。

• 分析前に地理データを点検したいとき
• 座標系や変換方法を確認したいとき
• 地点と区域の結合結果を点検したいとき

研究内容を学会向けの大判ポスターにまとめ、編集可能なLaTeXとPDFを作成します。段組みや図表、文字の配置を整え、印刷前の寸法・フォント・画像の確認まで扱います。

• 論文を学会ポスターにまとめたいとき
• 段組みで図表と本文を配置したいとき
• 所属機関のテンプレートで作りたいとき