K-Dense

LabArchivesの電子実験ノートと研究室の在庫管理をAPIで連携するために、接続先の選択、認証用の署名作成、送信前の計画やローカルファイル検査を支援します。

• 電子実験ノートのAPI連携を設計したいとき
• 研究室の在庫管理APIの認証確認
• LA containerのローカル検査

Opentrons Flex・OT-2の分注手順をPythonで作成・見直し、旧版からの移行やシミュレーションを支援します。器具配置や液量、チップ交換も扱います。

• 分注・段階希釈の手順を作成
• 器具配置・液量・チップ交換を点検
• 古いプロトコルを更新したいとき

PDFやOffice文書などを、見出しや表の構造を保ったMarkdownに変換します。一括処理や論文整理にも対応し、検索・テキスト分析・AIへの資料取り込みを支援します。

• PDFやOffice文書のMarkdown化
• 資料フォルダを一括変換したいとき
• 論文を出典情報付きで整理したいとき

PubMedやarXivなど18の学術APIを目的に応じて選び、論文・プレプリント・引用関係・公開全文を探して、検索条件や取得元を再確認できる形で結果をまとめます。

• 研究テーマの論文・プレプリント検索
• DOI・PMID・arXiv IDで論文を照会
• 公開されている全文やPDFを探したいとき

ゲノム上の領域データを検証し、重なりの件数や共通部分、被覆率を調べます。Gtarsを使う解析に向けて、座標や参照配列の整合性、実行条件も整理します。

• BED座標と参照ゲノムを検証したいとき
• ゲノム領域の重なりと集合比較
• ゲノム領域をトークン化したいとき

ラベル付き文章データから仮説候補を作るLLM処理の計画と監査を支援します。設定やデータ分割の確認、費用見積もり、保存済み予測の評価まで扱います。

• 実行前にタスク設定を点検したいとき
• 学習・テスト間の重複を調べたいとき
• モデル呼び出し前に費用を見積もりたいとき

二光子撮像のTIFF画像と時刻付き行動位置CSVを、神経科学の共通形式NWBへ変換し、メタデータ・時刻同期・変換前後の一致を検証するスキル。

• 二光子撮像TIFFをNWBに変換したいとき
• 撮像と行動位置をまとめたいとき
• 同期パルスで時計のずれを確認したいとき

タンパク質に小分子が結合する位置と向きの候補を予測します。単一ペアや複数条件のドッキングを進め、信頼度による候補整理と構造の検証を支援するスキルです。

• タンパク質と小分子の結合姿勢予測
• 一括ドッキングの入力準備と検証
• 受容体の構造別に姿勢を比較したいとき

時間に沿って変化するデータをaeonで分析し、分類・回帰・クラスタリングから将来予測、異常検知、似た波形の検索まで、手法の選択と実装を支援するスキル。

• 時系列の分類や連続値の推定
• 似た時系列をまとめたいとき
• 将来の値を予測したいとき

臨床意思決定支援の研究に使う評価資料や分析計画を作成・点検します。集計・合成データを対象に、根拠や確認状況を整理し、診療には使わない文書作成を支えます。

• 研究用モデルの評価資料を整えたいとき
• エビデンス資料と出典の対応確認
• 生存時間解析の計画を点検したいとき

気体の化学反応を定容・定圧の条件で計算し、温度上昇から着火遅れを求めます。温度や成分の時間変化を出力し、保存則の確認と計算条件を細かくした比較まで進めます。

• 定容・定圧条件の着火遅れ計算
• 温度や成分の時間変化を調べたいとき
• 反応モデルごとの着火遅れ比較

科学データを必要な分だけ取得し、大容量ファイルの履歴と保存先を管理します。分析コマンドと入出力の記録、再実行、データセットの公開までを支援します。

• 必要な研究データだけ取得したいとき
• データ未取得のファイルを調べたいとき
• 分析手順の記録と再実行

H&E染色の病理画像から、組織内の遺伝子発現分布を予測します。約1万9千の遺伝子を指定し、画像の小区画からスライド全体の予測マップを作る研究用スキルです。

• 腫瘍切片のマーカー遺伝子分布の予測
• 実測データがないスライド群の発現予測
• 病理画像解析への予測発現の追加

bulk RNA-seqの生データや定量結果を、遺伝子ごとの発現量を比較するためのカウント表に整えます。品質確認やサンプル情報の検証、PyDESeq2への引き渡しを支援します。

• FASTQから遺伝子カウント表を作りたいとき
• nf-core/rnaseqを設定したいとき
• Salmonなどの定量結果を統合したいとき

ゲノム上の領域データを使う機械学習に向けて、BED形式や参照ゲノムの整合性を点検し、学習計画の作成、モデルとの互換性確認、共通領域集合の評価を支援するスキル。

• BEDの座標と参照ゲノムを点検したいとき
• Region2VecやscEmbedの学習計画
• モデルとトークナイザーの互換性確認

メモリに収まらない表や数値配列、多数のファイルをDaskで分割・並列処理し、データの種類に合う実行方式の選択や処理の遅さの診断まで支援するスキル。

• メモリを超えるCSVやParquetの集計
• 大きな科学計算用配列の分割処理
• 分析前のJSONやログの整形

Screenpipeに記録された指定期間の作業履歴から、繰り返す研究作業を見つけ、既存スキルの活用案や組み合わせ、新しいスキルの下書きを提案します。

• 最近の作業から反復手順を探したいとき
• 既存スキルで補えない作業の確認
• 繰り返す作業をスキル化したいとき

文章から写真風の画像やイラスト、ロゴを生成し、参照画像の編集・合成も行います。OpenRouter経由でモデルを選び、対応する解像度や形式を確認できるスキル。

• スライドやポスターの画像を作りたいとき
• 既存画像の色や画風を変えたいとき
• 複数の参照画像を合成したいとき

がんモデルの遺伝子依存性や薬剤感受性をDepMapデータで調べ、バイオマーカー別の比較や遺伝子間の関連解析から、研究候補を絞り込むスキル。

• がんモデルの依存遺伝子を順位付けしたいとき
• バイオマーカー別に依存性を比較したいとき
• 依存性パターンが似た遺伝子の探索

2D蛍光顕微鏡画像から核を検出し、核数や核ごとの蛍光強度・面積を測定します。解析条件を保存した一括処理と、輪郭画像や測定表による品質確認を支援します。

• 顕微鏡画像を一括で核数計測したいとき
• 核ごとの蛍光強度と面積の測定
• 核の検出ミスを輪郭画像で確認したいとき

創薬で扱う分子データをPythonで読み込み、構造の標準化、性質の計算、類似度による分類、3D構造の生成や可視化まで、RDKitを使いやすい操作で扱います。

• 分子データを読み込み標準化したいとき
• 分子の性質や類似度を計算したいとき
• 化合物の分類や多様な候補の選抜

炭素13の標識測定から細胞内の代謝反応速度を推定し、原子の対応関係や入力条件を点検して、測定データでどの経路の流量まで絞り込めるかを調べるスキル。

• 炭素13の測定から代謝流量を推定したいとき
• 原子対応表と測定入力の整合性確認
• 仮定した反応速度から標識分布を予測

確認済みの合成・匿名化・集計データを基に、症例報告や臨床試験報告の下書き構成と集計表を作り、出典との対応、項目の不足や内部整合性をローカルで点検します。

• 症例報告の下書き構成を整えたいとき
• 臨床試験報告の項目漏れを点検したいとき
• 集計済み有害事象データの表作成

次世代シーケンスの解析データを整え、試料間の比較や品質確認、ヒートマップ作成を進めます。BAMからbigWigへの変換と、実験に応じた正規化も扱います。

• BAMを正規化してbigWigに変換
• シーケンス品質や反復試料の一致確認
• 転写開始点周辺のヒートマップ作成