K-Dense

流体シミュレーションの計画、設定点検、結果解析、再開条件の確認を支援します。FluidSimで計算資源の上限を整理し、数値的な妥当性を確かめます。

• 計算手法とパラメータを見直したいとき
• メモリ・ディスク・実行時間の見積もり
• スペクトルや保存量の収支を点検

科学データを必要な分だけ取得し、大容量ファイルの履歴と保存先を管理します。分析コマンドと入出力の記録、再実行、データセットの公開までを支援します。

• 必要な研究データだけ取得したいとき
• データ未取得のファイルを調べたいとき
• 分析手順の記録と再実行

作成済みの系統樹や階層ツリーを読み込み、枝の編集、注釈、構造の比較を行います。ETE 4を使い、大きな木の対話的な探索や論文用の図の出力にも対応します。

• 指定した種の抽出や根の変更をしたいとき
• 2つの系統樹の構造を比較したいとき
• NCBIやGTDBの分類情報を付けたいとき

CADファイルからカスタム部品を製造するため、Fictivのブラウザ画面で加工方法や材質を設定し、見積もり比較、製造上の警告確認、発注・追跡を進めるスキル。

• CAD部品の製造見積もりを取りたいとき
• 材質・数量・納期ごとの価格比較
• 製造上の警告やアップロード不具合の確認

タンパク質に小分子が結合する位置と向きの候補を予測します。単一ペアや複数条件のドッキングを進め、信頼度による候補整理と構造の検証を支援するスキルです。

• タンパク質と小分子の結合姿勢予測
• 一括ドッキングの入力準備と検証
• 受容体の構造別に姿勢を比較したいとき

科学・規制・経済などのデータベースから、条件を指定して情報を取得します。取得件数や検索条件、参照日を記録し、同じ調査を再現できる形で結果をまとめます。

• 識別子から遺伝子や化合物を調べたいとき
• 条件に合う臨床試験を集めたいとき
• 出典付きで経済統計を取得したいとき

創薬で扱う分子データをPythonで読み込み、構造の標準化、性質の計算、類似度による分類、3D構造の生成や可視化まで、RDKitを使いやすい操作で扱います。

• 分子データを読み込み標準化したいとき
• 分子の性質や類似度を計算したいとき
• 化合物の分類や多様な候補の選抜

学術論文を複数のデータベースで探し、著者・掲載誌などの書誌情報を確認してBibTeX形式に整理します。参考文献の重複や記載漏れ、原稿との対応も点検できます。

• 複数の学術データベースで論文を探したいとき
• DOIをBibTeXに変換したいとき
• 参考文献の重複を整理したいとき

2D蛍光顕微鏡画像から核を検出し、核数や核ごとの蛍光強度・面積を測定します。解析条件を保存した一括処理と、輪郭画像や測定表による品質確認を支援します。

• 顕微鏡画像を一括で核数計測したいとき
• 核ごとの蛍光強度と面積の測定
• 核の検出ミスを輪郭画像で確認したいとき

次世代シーケンスの解析データを整え、試料間の比較や品質確認、ヒートマップ作成を進めます。BAMからbigWigへの変換と、実験に応じた正規化も扱います。

• BAMを正規化してbigWigに変換
• シーケンス品質や反復試料の一致確認
• 転写開始点周辺のヒートマップ作成

天文データを扱うPythonコードの実装・修正を支援します。Astropyを使い、単位や天体座標の変換、観測ファイルの読み書き、宇宙論計算を進めます。

• 天体座標や物理単位を変換したいとき
• FITS観測ファイルの読み書き
• 天体カタログ同士を照合したいとき

確認済みの合成・匿名化・集計データを基に、症例報告や臨床試験報告の下書き構成と集計表を作り、出典との対応、項目の不足や内部整合性をローカルで点検します。

• 症例報告の下書き構成を整えたいとき
• 臨床試験報告の項目漏れを点検したいとき
• 集計済み有害事象データの表作成

タンパク質の機能情報、生体内の反応経路、化合物の識別子を複数の生物学データベースから取得し、Pythonで照合・整理する作業を支援します。

• タンパク質の配列・機能情報を収集
• 遺伝子に関連する反応経路を取得
• 化合物の識別子を照合したいとき

フローサイトメトリーのFCSファイルを読み込み、測定条件やチャネル情報を確認し、測定値のNumPy配列への抽出や表形式への出力、FCS 3.1の作成を支援します。

• FCSの測定条件とチャネルを確認したいとき
• 測定値をNumPy配列やCSVに取り出したいとき
• 複数データセット入りの旧FCSを読むとき

ゲノム上の位置をファイル形式ごとの座標規則に合わせて変換し、変異表現の統一や参照ゲノム・染色体名の不一致を点検するスキルです。

• BEDとGFF/GTF間の座標変換
• 挿入・欠失の表現統一と比較
• 参照ゲノムや染色体名の不一致確認

炭素13の標識測定から細胞内の代謝反応速度を推定し、原子の対応関係や入力条件を点検して、測定データでどの経路の流量まで絞り込めるかを調べるスキル。

• 炭素13の測定から代謝流量を推定したいとき
• 原子対応表と測定入力の整合性確認
• 仮定した反応速度から標識分布を予測

H&E染色の病理画像から、組織内の遺伝子発現分布を予測します。約1万9千の遺伝子を指定し、画像の小区画からスライド全体の予測マップを作る研究用スキルです。

• 腫瘍切片のマーカー遺伝子分布の予測
• 実測データがないスライド群の発現予測
• 病理画像解析への予測発現の追加

バルク・単一細胞の遺伝子発現データから、発現を調節する遺伝子と標的遺伝子の関係候補を順位付けし、解析手法の比較や結果の安定性確認を支援します。

• 遺伝子の調節関係候補を絞りたいとき
• GRNBoost2とGENIE3の比較
• 推定ネットワークの安定性確認

タンパク質配列をクラウド実験室へ送り、結合や熱安定性などの測定を進めます。実験条件の設計から費用見積もり、依頼、進捗確認、結果取得までを支援します。

• 候補配列の結合実験を設計したいとき
• 実験依頼前の費用見積もり
• 実験の進捗確認と結果取得

気体の化学反応を定容・定圧の条件で計算し、温度上昇から着火遅れを求めます。温度や成分の時間変化を出力し、保存則の確認と計算条件を細かくした比較まで進めます。

• 定容・定圧条件の着火遅れ計算
• 温度や成分の時間変化を調べたいとき
• 反応モデルごとの着火遅れ比較

Pythonで量子回路を組み立て、シミュレーションやノイズの影響比較、実機向けの回路変換を進めます。Google Quantum AIなどでの実行準備も扱います。

• 量子回路の作成とシミュレーション
• ノイズの強さによる測定結果の比較
• パラメータを変えた回路実験

公開の単一細胞・空間的な遺伝子発現データを組織や疾患で絞り込み、必要な発現値や細胞情報を取得して、集計やデータセット横断の比較分析につなげるスキル。

• 組織内の細胞種を調べたいとき
• マーカー遺伝子の発現値を取得したいとき
• 組織やデータセットを横断比較したいとき

時間に沿って変化するデータをaeonで分析し、分類・回帰・クラスタリングから将来予測、異常検知、似た波形の検索まで、手法の選択と実装を支援するスキル。

• 時系列の分類や連続値の推定
• 似た時系列をまとめたいとき
• 将来の値を予測したいとき

DNA変異が遺伝子の働きに及ぼす影響を、計算済みデータとモデル予測で調べます。候補の順位付けから組織別の影響、スコアの根拠の確認まで支援します。

• VCFの候補変異を順位付けしたいとき
• 組織別の遺伝子発現への影響調査
• 変異前後のDNA予測を比較したいとき