K-Dense

2D蛍光顕微鏡画像から核を検出し、核数や核ごとの蛍光強度・面積を測定します。解析条件を保存した一括処理と、輪郭画像や測定表による品質確認を支援します。

• 顕微鏡画像を一括で核数計測したいとき
• 核ごとの蛍光強度と面積の測定
• 核の検出ミスを輪郭画像で確認したいとき

DNA変異が遺伝子の働きに及ぼす影響を、計算済みデータとモデル予測で調べます。候補の順位付けから組織別の影響、スコアの根拠の確認まで支援します。

• VCFの候補変異を順位付けしたいとき
• 組織別の遺伝子発現への影響調査
• 変異前後のDNA予測を比較したいとき

メモリに収まらない表や数値配列、多数のファイルをDaskで分割・並列処理し、データの種類に合う実行方式の選択や処理の遅さの診断まで支援するスキル。

• メモリを超えるCSVやParquetの集計
• 大きな科学計算用配列の分割処理
• 分析前のJSONやログの整形

がんモデルの遺伝子依存性や薬剤感受性をDepMapデータで調べ、バイオマーカー別の比較や遺伝子間の関連解析から、研究候補を絞り込むスキル。

• がんモデルの依存遺伝子を順位付けしたいとき
• バイオマーカー別に依存性を比較したいとき
• 依存性パターンが似た遺伝子の探索

ゲノム上の位置をファイル形式ごとの座標規則に合わせて変換し、変異表現の統一や参照ゲノム・染色体名の不一致を点検するスキルです。

• BEDとGFF/GTF間の座標変換
• 挿入・欠失の表現統一と比較
• 参照ゲノムや染色体名の不一致確認

ローカルの科学データを対象に、対応形式と読込範囲を確かめて欠損・分布・外れ値などを調べ、識別情報の露出を抑えた探索的分析レポートを作るスキル。

• モデル作成前のCSV・TSV点検
• 欠損とデータ分割間の重複確認
• 外れ値の影響や変換感度の比較

モデルやプロンプトの改善を複数の実験で進め、仮説と結果をツリーに記録します。実験から得た知見を次の試行に引き継ぎ、探索用とは別の評価で改善候補を比較します。

• モデル学習の改善案を実験で比較したいとき
• エージェントの成功率を改善したいとき
• プロンプトの変更を定量評価したいとき

Pythonで量子回路を組み立て、シミュレーションやノイズの影響比較、実機向けの回路変換を進めます。Google Quantum AIなどでの実行準備も扱います。

• 量子回路の作成とシミュレーション
• ノイズの強さによる測定結果の比較
• パラメータを変えた回路実験

Benchlingの配列・試料・実験ノートをPythonやAPIで扱い、配列の取り込みや書き出し、保管場所ごとの在庫確認など、研究データの定型処理を自動化するスキル。

• FASTAファイルからDNA配列を取り込みたいとき
• 保管場所ごとの試料在庫を確認したいとき
• 指定した項目定義の配列をCSV出力したいとき

Generate or edit images with AI models through the OpenRouter Image API (Gemini, Seedream, Recraft, GPT-Image, Riverflow). Use for photos, illustrations, artwork, concept art, visual assets, logos, and image editing or compositing from reference images. For flowcharts, circuits, pathways, and other technical diagrams, use the scientific-schematics skill instead.

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Create professional infographics using Nano Banana Pro AI with smart iterative refinement. Uses Gemini 3.6 Flash for quality review. Integrates research-lookup and web search for accurate data. Supports 10 infographic types, 8 industry styles, and colorblind-safe palettes.

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Create publication-quality scientific diagrams using Nano Banana 2 AI with smart iterative refinement. Uses Gemini 3.6 Flash for quality review. Only regenerates if quality is below threshold for your document type. Specialized in neural network architectures, system diagrams, flowcharts, biological pathways, and complex scientific visualizations.

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Build slide decks and presentations for research talks. Use this for making PowerPoint slides, conference presentations, seminar talks, research presentations, thesis defense slides, or any scientific talk. Provides slide structure, design templates, timing guidance, and visual validation. Works with PowerPoint and LaTeX Beamer.

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Formulate evidence-bounded scientific questions, candidate hypotheses, rival explanations, causal or associational claims, discriminating predictions, measurements, and preregistration-ready analysis plans. Use when turning observations or preliminary findings into transparent, testable research plans without treating hypotheses as facts.

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Evaluate scientific claims and evidence quality. Use for assessing experimental design validity, identifying biases and confounders, applying evidence grading frameworks (GRADE, Cochrane Risk of Bias), or teaching critical analysis. Best for understanding evidence quality, identifying flaws. For formal peer review writing use peer-review.

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Prepare journal manuscripts, conference papers, research posters, and grant documents using venue-specific formatting guidance and bundled LaTeX scaffolds. Use when selecting an official template, checking current page or anonymity rules, adapting academic writing to a venue, or inspecting a submission PDF.

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Compile current scholarly evidence for a scientific manuscript or research brief. Use when the user explicitly asks to gather literature, references, background evidence, competing findings, or a manuscript research packet. Uses Parallel Search by default, Parallel Extract for source verification, Parallel Research for explicitly deep/exhaustive work, optional explicit Parallel Chat, and optional Perplexity only when requested or allowed as a failure fallback.

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Provide qualitative-first, evidence-traceable developmental review of scholarly works and audit low-stakes research-assessment rubrics with optional local quality controls. Never use for ranking people or consequential decisions.

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Use this skill any time a .pptx or .potx file is involved in any way — as input, output, or both. This includes: creating slide decks, pitch decks, or presentations; reading, parsing, or extracting text from any .pptx or .potx file (even if the extracted content will be used elsewhere, like in an email or summary); editing, modifying, or updating existing presentations; combining or splitting slide files; working with templates (.potx), layouts, speaker notes, or comments. Trigger whenever the user mentions "deck," "slides," "presentation," or references a .pptx or .potx filename, regardless of what they plan to do with the content afterward. If a .pptx or .potx file needs to be opened, created, or touched, use this skill.

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Use this skill whenever the user wants to create, read, edit, or manipulate Word documents (.docx files) or Word templates (.dotx files). Triggers include: any mention of 'Word doc', 'word document', '.docx', '.dotx', or requests to produce professional documents with formatting like tables of contents, headings, page numbers, or letterheads. Also use when extracting or reorganizing content from .docx or .dotx files, inserting or replacing images in documents, performing find-and-replace in Word files, working with tracked changes or comments, or converting content into a polished Word document. If the user asks for a 'report', 'memo', 'letter', 'template', or similar deliverable as a Word or .docx file, use this skill. Do NOT use for PDFs, spreadsheets, Google Docs, or general coding tasks unrelated to document generation.

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Create professional research posters in LaTeX using beamerposter, tikzposter, or baposter. Support for conference presentations, academic posters, and scientific communication. Includes layout design, color schemes, multi-column formats, figure integration, and poster-specific best practices for visual communication.

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Comprehensive citation management for academic research. Search OpenAlex, PubMed, and Google Scholar for papers, extract accurate metadata, validate citations, and generate properly formatted BibTeX entries. This skill should be used when you need to find papers, verify citation information, convert DOIs to BibTeX, or ensure reference accuracy in scientific writing.

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Conduct comprehensive, systematic literature reviews using multiple academic databases (PubMed, arXiv, bioRxiv, Semantic Scholar, etc.). This skill should be used when conducting systematic literature reviews, meta-analyses, research synthesis, or comprehensive literature searches across biomedical, scientific, and technical domains. Creates professionally formatted markdown documents and PDFs with verified citations in multiple citation styles (APA, Nature, Vancouver, etc.).

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Use this skill whenever the user wants to do anything with PDF files. This includes reading or extracting text/tables from PDFs, combining or merging multiple PDFs into one, splitting PDFs apart, rotating pages, adding watermarks, creating new PDFs, filling PDF forms, encrypting/decrypting PDFs, extracting images, and OCR on scanned PDFs to make them searchable. If the user mentions a .pdf file or asks to produce one, use this skill.

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