OpenAI

次世代シーケンサーのFASTQを検証し、品質レポートを作成・解釈します。生データを残したまま、必要に応じて低品質な末端やアダプター配列を除去します。

• 後続解析の前に配列品質を確認
• 複数サンプルの品質レポートを集約
• 配列の除去処理が必要か判断したいとき

STRING APIでタンパク質の相互作用ネットワークや関連する相手、遺伝子群に多い機能を調べ、取得件数を絞った読みやすい要約にまとめるスキル。

• タンパク質の相互作用網を確認したいとき
• タンパク質の相互作用相手の検索
• 遺伝子群に多い機能の確認

遺伝子変異をrsIDやゲノム座標で指定し、TPMIの関連解析結果を短く整理します。問い合わせに使った変異、関連の総件数、結果の省略有無も確認できます。

• rsIDで変異の関連を確認したいとき
• GRCh37の座標から照会したいとき
• 関連結果の全件を保存したいとき

論文の識別子を指定して、NCBI PMCのオープンアクセス資料やファイルの利用可否を調べ、短くまとめます。必要な場合は元のXML応答も保存できます。

• PMCIDで公開資料の有無を調べたいとき
• 対応するDOIで利用可否を確認
• 元のXML応答を保存したいとき

HMDBで代謝物・タンパク質・疾患・代謝経路を分類ごとに検索し、結果を簡潔なMarkdownにまとめます。取得した応答全体のファイル保存にも対応します。

• serotoninなどの代謝物を調べたいとき
• glycolysisの関連経路を探したいとき
• タンパク質や疾患を検索したいとき

疾患・形質名や遺伝子変異を起点に、関連するゲノム領域の候補遺伝子を複数の根拠で順位付けし、出典・信頼度・限界を添えた表と要約にまとめます。

• 疾患・形質の候補遺伝子探索
• 指定した代表変異からの候補順位付け
• 遺伝子ごとの根拠と関連組織の比較

ClinicalTrials.govのAPI v2で疾患や募集状況を絞って臨床試験を検索し、簡潔な概要やデータ項目の定義・統計を取得するスキル。

• 疾患別に募集中の臨床試験を探したいとき
• 臨床試験の検索結果を短く把握したいとき
• APIの項目定義や選択肢の確認

EpiGraphDBから疾患・形質の分類、関連文献、遺伝子と薬剤の関係などを調べ、取得件数を抑えた簡潔な要約や必要に応じた生データにまとめるスキル。

• 疾患や形質の分類用語を探したいとき
• 遺伝子に関連する薬剤の確認
• 関連文献や遺伝的根拠の要約

塩基配列やタンパク質配列をNCBI BLASTで検索し、処理状況の確認から上位候補の要約まで進めます。検索IDでの結果の再取得や生データの保存にも対応します。

• 塩基配列やタンパク質の類似検索
• 送信済み検索の状況を確認したいとき
• 上位の一致候補を把握したいとき

化学物質を名前やChEBI IDで検索し、化合物の情報や構造メタデータ、分類上の親子関係を確認して、結果を簡潔な概要にまとめるスキル。

• 物質名から化合物を探したいとき
• ChEBI IDで詳細を確認したいとき
• 化学物質の分類関係の確認

BioStudiesとArrayExpressでキーワード検索や登録番号による研究情報の取得を行い、短い概要にまとめます。完全な取得データはファイルに保存して参照できます。

• RNAに関する研究を探したいとき
• ArrayExpressで単一細胞研究を探す
• 登録番号から研究情報を確認したいとき

ChEMBL APIで化合物や標的、生物活性、作用機序を調べ、検索結果の件数を絞った簡潔な要約や、機械処理向けのJSONを返すスキル。

• ChEMBL IDで化合物や標的を照会
• 化合物の活性記録を確認したいとき
• 作用機序の情報を調べたいとき

EFOの用語検索や詳細照会、直下・下位の用語の取得を行い、必要な範囲の結果を簡潔にまとめます。用語の特定や、用語間の関係を調べる作業に使えます。

• 検索語に対応するEFO用語を探したいとき
• 特定のEFO用語の詳細を確認したいとき
• 直下・下位の用語を調べたいとき

MGnifyから微生物群集の研究・試料・生息環境の情報を取得し、簡潔に要約します。研究や試料の識別番号、環境で対象を絞り、必要に応じてJSONでも受け取れます。

• 識別番号から微生物群集の研究を確認
• 特定の試料に付随する情報を要約
• 生息環境の分類を調べたいとき

公開eQTL Catalogue APIから遺伝子や変異に関する関連データと研究情報を取得するスキル。条件を絞って照会し、結果を簡潔な概要やJSONにまとめます。

• 特定遺伝子の関連データを調べたいとき
• 変異を指定して関連データを絞り込み
• 公開カタログの研究情報の確認

Bgeeで健康な野生型の遺伝子発現情報を調べ、結果を短く要約します。生物学的な用語の関係を踏まえた問い合わせを行い、必要なときだけ生の結果を保存します。

• 健康な野生型の発現情報の調査
• 生物学的な用語の関係を踏まえた検索
• 条件に合うデータの存在確認

Phaser・TypeScript・Viteで2Dブラウザゲームを開発し、ゲームルールと描画を分けながら、カメラやアニメーション、操作メニューを実装するスキル。

• マス目を使うターン制ゲームの開発
• 見下ろし探索や横視点アクションの制作
• ステータス表示や操作メニューの追加

遺伝子発現との関連を調べるため、1つの遺伝的変異をrsIDやゲノム座標で指定し、GTExの組織別eQTL関連データを取得してJSONにまとめます。

• rsIDの組織別eQTLを調べたいとき
• GRCh37座標でGTExを検索したいとき
• 取得行数を絞ってJSONで受け取りたいとき

IPDの公開APIから、HLAの遺伝子型を表すアレルや細胞の登録情報を取得します。名前による絞り込みや取得件数の指定に対応し、結果を短い要約で確認できます。

• HLAアレルの登録情報を閲覧したいとき
• HLAアレル名の一部で絞り込みたいとき
• IPDに登録された細胞情報の確認

代謝物を網羅的に調べる研究のデータベースMetaboLightsで研究を探し、登録番号を指定した研究情報も取得して、簡潔な要約にまとめるスキル。

• MetaboLightsの登録研究を探したいとき
• MTBLS登録番号で研究を確認したいとき
• 研究の付随情報を短く把握したいとき

Human Protein Atlasの遺伝子データや検索結果、組織・細胞株のページを取得して簡潔に要約し、必要な場合だけ元のJSONやHTMLをファイルに保存するスキル。

• Ensembl IDで遺伝子を調べたいとき
• Human Protein Atlasの検索結果確認
• 組織・細胞株のページ確認

AlphaFold Protein Structure Databaseから、既存の構造予測やタンパク質の関連情報を取得して要約します。UniProtや配列の概要、注釈の確認にも使えます。

• 登録済みのタンパク質構造予測の確認
• UniProtの概要を調べたいとき
• 配列の概要や注釈を確認したいとき

HyperFramesの再利用ブロックやエフェクト部品を探して導入し、既存の構成へ組み込むスキル。表示時間や重なり順の設定、HTML・CSS・JSの統合を扱います。

• 配布一覧から使える部品を探したいとき
• 導入したブロックを既存の構成に追加
• エフェクトのコード片を統合したいとき

CELLxGENE Discoverの公開コレクションやデータセットの基本情報を取得し、単一細胞研究のデータを探す際に役立つ簡潔な概要にまとめるスキル。

• 単一細胞データの概要を知りたいとき
• 公開コレクションの候補探し
• 基本情報をJSONで取得したいとき