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QuickGOで遺伝子の働きを分類するGO用語や、遺伝子産物との対応情報を調べ、簡潔に要約します。用語の上位・下位関係をたどる検索や応答全体の保存も扱います。

• GO用語の詳細を調べたいとき
• 遺伝子産物のGOアノテーションの確認
• GO用語の上位・下位関係の探索

ProteomeXchangeのデータセットやタンパク質、スペクトルなどをPROXI APIで照会し、識別子や対象を絞った結果を簡潔にまとめます。

• 識別子でデータセットを確認したいとき
• タンパク質・ペプチド・PSMの照会
• スペクトルやUSIの例を取得したいとき

単一細胞・単一核RNA-seqの入力情報を確認し、FASTQからカウント行列を作る解析手順を選びます。生成後の品質管理や細胞分類は専用スキルにつなぎます。

• FASTQから単一細胞解析を始めたいとき
• カウント行列の生成手順を選びたいとき
• 既存行列の品質管理や細胞分類

IlluminaのBCLデータをFASTQへ変換するために、ランフォルダーとサンプルシートを検証し、試料ごとの振り分け設定から変換後の指標確認まで支援するスキル。

• 変換前のランとサンプルシートの検証
• インデックス・UMI・レーン設定の確認
• IlluminaのBCLをFASTQへ変換

STRING APIでタンパク質の相互作用ネットワークや関連する相手、遺伝子群に多い機能を調べ、取得件数を絞った読みやすい要約にまとめるスキル。

• タンパク質の相互作用網を確認したいとき
• タンパク質の相互作用相手の検索
• 遺伝子群に多い機能の確認

単一細胞・単一核RNA-seqデータの品質管理から細胞種の推定、UMAP可視化まで進め、データに応じた除外基準や処理の根拠を記録するスキル。

• データ分布に基づく品質基準の選定
• 複数細胞の混入と周囲のRNAの確認
• 参照データやマーカーによる細胞種推定

NVIDIA cuOptで配送経路や数理最適化を扱う際に、要件整理から環境確認、結果検証までの進め方を定めるスキル。導入やサーバー利用の相談にも対応します。

• 配送経路の要件と制約を整理したいとき
• cuOptの利用インターフェースの検討
• 導入方法やサーバー構成を相談したいとき

Mixpanelのログイン状態や認証情報を確認し、アカウント・プロジェクト・ワークスペースを切り替えるスキル。接続先の組み合わせも名前付きで保存できます。

• 現在のアカウントと接続先の確認
• 初回ログインと認証の接続テスト
• プロジェクトやワークスペースの切り替え

bulk RNA-seqのカウント行列から条件間の遺伝子発現差を解析し、反復数や実験設計、バッチ差、品質を確認しながら比較別の結果表と図を作るスキル。

• 実験条件間の遺伝子発現を比較したいとき
• ドナー対応やバッチ差を含む解析設計
• PCAや距離図によるサンプル品質確認

NCBI Datasets v2からゲノムや生物の分類、関連する登録情報を対象を絞って取得し、短い要約で確認できる形に整理するスキル。元の応答の保存にも対応。

• 特定の生物のゲノム情報を調べたいとき
• 登録識別子によるアセンブリの確認
• 分類IDによる生物分類の確認

遺伝子変異をrsIDやゲノム座標で指定し、TPMIの関連解析結果を短く整理します。問い合わせに使った変異、関連の総件数、結果の省略有無も確認できます。

• rsIDで変異の関連を確認したいとき
• GRCh37の座標から照会したいとき
• 関連結果の全件を保存したいとき

遺伝子変異を一つ指定して、UKB-TOPMedでさまざまな形質との関連を調べます。rsIDや異なる参照ゲノムの座標を受け付け、関連件数と結果の要点を返します。

• rsIDから形質との関連を調べたいとき
• GRCh37座標で照会したいとき
• 関連結果の一部と総件数の確認

バルクRNA-seqの入力データと解析目的を確認し、配列データからのカウント生成・品質確認、または遺伝子発現の差を調べる統計解析へ振り分けます。

• FASTQからカウント表を作りたいとき
• 試料群間の発現差を調べたいとき
• 品質確認と統計解析をまとめて計画

DNAの配列データから変異を検出する解析を、遺伝性・がん・分子バーコード付きパネルなどの試料条件に応じて振り分け、必要な入力確認と解析手順の計画を支援します。

• WGS・WES・パネルの解析手順選び
• 遺伝性・がん・UMI解析の振り分け
• 参照ゲノムと必要な入力の確認

ATAC-seqやChIP-seqなどの実験条件と入力データを整理し、品質確認からピーク検出、試料間の比較まで、実験に合う解析手順へ振り分けるスキル。

• 実験に合う解析手順を選びたいとき
• FASTQと試料一覧を確認したいとき
• 対照試料と反復情報の整理

NVIDIA AI-Q Blueprintの実行環境を構築し、起動・稼働確認・障害対応・停止まで進め、調査用スキルに接続先を引き継ぐスキル。

• aiq-research用バックエンドの起動
• 端末やブラウザでAI-Qを使いたいとき
• KubernetesへのAI-Q導入

会話やメモから決定事項や手順を抽出し、NotionのWiki・FAQ・意思決定ログに整理。出典や関連ページ、担当者も結び付け、再利用しやすくまとめます。

• チームの会話をWikiに残したいとき
• 決定事項と判断理由の記録
• よくある質問のFAQ化

Notionの仕様書から要件や不明点を整理し、実装計画と1〜2日単位のタスクを作成。仕様書・計画・タスクを相互に結び付け、進捗や課題の更新まで支援するスキル。

• 機能仕様から実装計画を作りたいとき
• 要件を1〜2日単位のタスクに分解
• Notionの仕様・計画・タスクの連携

ChIP-seq・CUT&RUN・CUT&Tagの品質確認と、信号が集中する領域の検出を計画・実行するスキル。対照試料や反復試料を確認し、可視化や条件間比較の準備も支援します。

• データ品質と濃縮信号を確認したいとき
• 標的に合うピーク幅を選びたいとき
• bigWigと品質レポートの作成

Dynamoの分離型・複数ノード構成で、GPU間の高速通信に必要な設定と機能を読み取り専用で点検し、転送テストの準備状況や次の確認手順を示すスキル。

• デプロイ後の通信準備状況の確認
• 性能測定前の転送設定の点検
• 通信が原因と思われる遅延の調査

腫瘍と正常組織、または腫瘍のみのDNAデータから体細胞変異を調べる解析を計画・実行します。検体の対応関係や混入、品質、変異への注釈付けも確認します。

• 腫瘍と正常組織の比較解析を計画
• 腫瘍のみの解析条件と限界を確認
• 全ゲノム・エクソーム・パネルの品質確認

16SやITSなどの遺伝子領域を読んだFASTQから、微生物群集解析を進めるスキル。品質確認、配列の集計、分類群の推定、多様性の可視化を支援します。

• FASTQの品質と解析準備を確認したいとき
• ASV表や分類表を作成したいとき
• 微生物群集の多様性や構成の可視化

PubMedの論文や遺伝子・タンパク質、GEOのメタデータをNCBI Entrezで検索・取得し、関連情報へのリンク付きで簡潔にまとめるスキル。

• 特定テーマのPubMed論文検索
• 遺伝子やタンパク質の記録取得
• GEO記録の関連論文を探したいとき

Reactomeから生体内の反応経路やイベント、関与する分子、図に関連するデータを取得し、短い概要に整理します。識別子を使った照会や検索に対応するスキル。

• パスウェイやイベントIDの照会
• 分子に関連する経路の検索
• イベントに関与する分子の確認