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bdbe_homo

根据多维度筛选条件检索单细胞测序相关的预训练数据集,支持分页查询,返回符合条件的数据集详情,并格式化展示查询结果。

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bdbe_homo Skill

功能描述

根据多维度筛选条件检索单细胞测序相关的预训练数据集,支持分页查询,返回符合条件的数据集详情,并格式化展示查询结果。

核心功能

  • 支持多维度筛选条件(生物物种、组织/器官、分类、时间、性别等)
  • 支持分页查询
  • 格式化展示查询结果
  • 处理长结果输出

参数说明

  • organism:生物物种(必填参数)
  • organ:组织/器官(可选)
  • class:分类(可选)
  • time:发育/采样时间(可选)
  • gender:性别(可选)
  • cell_line:细胞系(可选)
  • organoid:类器官(可选)
  • tumor:肿瘤相关(可选)
  • page_num:分页页码(从1开始,默认1)
  • page_size:每页返回数据集数量(默认10)

依赖

  • requests
  • json

使用示例

基本使用

python scripts/bdbe_homo.py --organism "Acomys cahirinus"

带筛选条件

python scripts/bdbe_homo.py --organism "Acomys cahirinus" --organ "ear" --page_num 1 --page_size 5

输入输出示例

输入

python scripts/bdbe_homo.py --organism "Acomys cahirinus"

输出

查询结果:
总数据集数量: 5

数据集 1:
- ID: 62385
- 唯一标识: KUN00100200008268
- 样本编号: GSM5519177
- 生物物种: Acomys cahirinus
- 分类: organ
- 组织/器官: ear
- 细胞系: not applicable
- 发育/采样时间: Adult
- 性别: not applicable
- 系列编号: GSE182141
- 原始数据量: 8559
- 质控后数据量: 8148
- 注释后数据量: 8148
- 数据文件路径: scope/Mouse/GSM5519177_prepared.h5ad
- 数据授权类型: open access
- 测序平台: 10x

页码: 1, 每页数量: 10

注意事项

  • organism参数为必填项
  • 所有参数支持模糊/精准匹配,空值表示不筛选该维度
  • 如果结果过长,会自动输出到临时文件并读取展示
  • 响应状态码为0表示检索成功,非0为异常

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