abbrev_expander
Free领域缩略语展开 Skill：按内置或外部词典将独立缩略语替换为全称，可选在全称后保留原缩写。 适用于技术文本、论文摘要和业务记录中的缩写清洗；不负责模糊缩写消歧或大小写无关替换。
The English summary is being prepared. Showing the original description.
cas-bigdatalab/piflow541Updated Oct 17, 2026
FreePublished on GitHub
bdbe_scnorm
用于单细胞测序数据预处理的专用技能，对单细胞表达矩阵进行标准化处理，以消除技术偏差，为聚类、差异表达分析提供可靠的数据基础。
The English summary is being prepared. Showing the original description.
See how to installFiles included (6)
- SKILL.md2.7 KB
- assets/icon.png12.4 KB
- evals/evals.json656 B
- evals/test_data.csv130 B
- scripts/bdbe_scnorm.py8.5 KB
- skill.json1.6 KB
SKILL.md (original)
Review the instructions the agent will receive before you install.
bdbe_scnorm Skill
功能描述
本skill是用于单细胞测序数据预处理的专用技能，首先需要用户上传需要处理的单细胞测序数据，再对单细胞表达矩阵进行标准化处理，以消除技术偏差，为聚类、差异表达分析提供可靠的数据基础。
核心功能
- 支持上传单细胞测序数据文件
- 触发标准化分析任务
- 获取并展示分析结果
- 支持下载标准化后的数据集
参数说明
input_file：输入单细胞测序数据文件路径（必要参数）species：物种类型（必要参数），如 mouse、human 等
依赖
- requests
- json
使用示例
基本使用
python scripts/bdbe_scnorm.py --input_file mouse_ERX2557277.csv --species mouse
输入输出示例
输入
python scripts/bdbe_scnorm.py --input_file mouse_ERX2557277.csv --species mouse
输出
正在上传文件: mouse_ERX2557277.csv
上传成功，文件ID: 36885
正在启动标准化分析...
分析任务启动成功，任务ID: 1063
正在获取分析结果...
分析完成，结果文件：
核心文件：
- d5f99079c24ca7b47667bddd59d23621.h5ad
下载链接: https://www.bdbe.cn/kun/api/result/download?link=-1/python3/mnt/run.py/2026-03-10T10_40_10.091473/output/mouse/d5f99079c24ca7b47667bddd59d23621.h5ad
辅助文件：
- state.json
- dataset_info.json
- sorted_length.pickle
- data-00000-of-00001.arrow
- logs.txt
分析完成！
注意事项
- 支持的文件格式：h5ad、csv 等常见单细胞数据格式
- 文件大小限制：建议不超过100MB
- 分析时间：根据数据大小，可能需要几分钟到几十分钟
- 物种参数：必须指定正确的物种类型，如 mouse、human 等
Reviews
No reviews yet. Tell others what you thought.
Comments
No login needed. Share how it worked for you, ask a question, or note where it did not run.
No comments yet. Be the first to write one.
More skills from this repository
字母数字比例过滤器。过滤文本中字母/数字比例不在指定范围内的样本。 当用户提到文本过滤、比例筛选、字母比例、数字比例、清理乱码文本等需求时使用此skill。 即使用户没有明确说出"过滤"，只要任务涉及根据文本中字母或数字的比例来筛选数据， 就应该使用此skill。
The English summary is being prepared. Showing the original description.
cas-bigdatalab/piflow541Updated Oct 17, 2026
平均行长度过滤器。过滤文本平均行长度不在指定范围内的样本。 当用户提到行长度过滤、平均行长度、文本行长度筛选、按行筛选等需求时使用此skill。 即使用户没有明确说出"平均行长度"，只要任务涉及根据文本中每行的平均长度来筛选数据， 就应该使用此skill。
The English summary is being prepared. Showing the original description.
cas-bigdatalab/piflow541Updated Oct 17, 2026
batch_collector
Free批量文件清单采集器。扫描一个或多个本地文件/目录，或从任务列表加载路径， 按支持的扩展名生成文件元信息清单，供后续文本、表格、文档、图像等采集流程继续处理。 当用户需要批量盘点待采集文件、生成本地文件 manifest、统计输入文件类型或为后续采集算子准备文件清单时使用此 skill。
The English summary is being prepared. Showing the original description.
cas-bigdatalab/piflow541Updated Oct 17, 2026
批量数据均匀分片工具。读取json/jsonl/csv输入，按份数或固定条数切成多个子文件，输出一个清单JSON供下游节点消费。 当用户提到数据分割、批量拆分、数据分片、均匀分块等需求时使用此skill。 即使用户没有明确说出"分片"，只要任务是把整份批量数据均匀拆成多个文件，就应该使用此skill。 不负责按字段分组导出或随机采样。
The English summary is being prepared. Showing the original description.
cas-bigdatalab/piflow541Updated Oct 17, 2026
bdbe_cellanno
Free本skill是用于单细胞测序数据分析的专用技能，首先需要用户上传需要处理的单细胞测序数据，再对经过预处理的单细胞表达数据进行自动化细胞类型注释。它通过基因比对、数据标准化、降维等一系列流程，将细胞聚类结果与已知参考数据库进行匹配，从而为每个细胞分配生物学功能标签。
The English summary is being prepared. Showing the original description.
cas-bigdatalab/piflow541Updated Oct 17, 2026