AIPOCH

Digital pathology image processing toolkit for whole slide images (WSI). Supports WSI formats (SVS, TIFF, NDPI), tile-based analysis, and histological image preprocessing workflows.

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Clinical Research Bias Assessment - Case-Control Study (NOS) v2.3.0. Use when you need to assess the bias of a case-control study using the Newcastle-Ottawa Scale (NOS) criteria, or when evaluating the quality of a medical paper.

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Extracts clinical trial baseline data (study, region, participants, etc.) from article text or PMID. Checks PubMed for metadata; always falls back to LLM extraction for full details.

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Data structure for annotated matrices in single-cell analysis; use when reading/writing .h5ad (or zarr) and exchanging data with the scverse ecosystem.

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Decompose genetic effects into direct and indirect paths through mediating variables using the mediation R package. Tests whether gene expression, methylation, or other molecular phenotypes mediate the effect of genetic variants on disease. Use when testing whether a molecular...

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Generates detailed text descriptions of medical images and charts for.

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Rewrite drafts according to target writing style or target journal format. Triggers when user says "rewrite in XX style", "match this tone", "format for XX journal", "rewrite following this format". Input can be .docx / .md / .txt or conversation text.

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Generate USMLE Step 1/2 style clinical cases with patient history, physical.

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Generate photorealistic rendering scripts for PyMOL and UCSF ChimeraX.

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Detect and correct for horizontal pleiotropy in Mendelian randomization analyses using MR-PRESSO for outlier removal, MR-Egger regression for directional pleiotropy, and Steiger filtering for variant directionality. Use when validating MR results, detecting pleiotropic instrum...

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Assists R&D teams with patent technical disclosure drafting and patent/novelty search analysis; use when users ask to write a patent disclosure, structure an invention description, search related patents, or assess novelty.

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Helps faculty and mentors draft standardized recommendation letters for.

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Generate 3D animation scripts and lay explanations for drug mechanisms.

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Use study limitations drafter for academic writing workflows that need structured execution, explicit assumptions, and clear output boundaries.

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Advanced sample size and power calculations for complex study designs including survival analysis, clustered designs, and multiple comparisons.

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Orchestrates a systematic review and meta-analysis workflow following PRISMA 2020 guidelines, from protocol development through multi-database search, screening, data extraction, and evidence synthesis. Use when conducting evidence-based reviews, meta-analyses, or scoping revi...

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Polish reviewer-response letters by softening defensive language, preserving factual meaning, and keeping responses professional, concise, and publication-appropriate.

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Use semantic consistency auditor for academic writing workflows that need structured execution, explicit assumptions, and clear output boundaries.

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Use when converting medical text between academic and patient-friendly tones, translating medical jargon for patients, adapting research papers for public audiences, or rewriting clinical notes for patient handouts. Maintains medical accuracy while adjusting readability level.

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Sequence alignment and alignment file processing with Biopython (Bio.Align/Bio.AlignIO), triggered when you need global/local pairwise alignment, MSA read/write/format conversion, or alignment statistics/filtering.

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A comprehensive toolbox for computational molecular biology; use it when you need programmatic sequence/structure parsing, batch bioinformatics pipelines, or automated NCBI/BLAST workflows.

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Generate professional prior authorization request letters for insurance companies with proper clinical justification and formatting.

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Predict challenging questions for presentations and prepare structured responses.

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Generate ethical, compliant, and patient-friendly recruitment advertisements for clinical trials.

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