'coverage' 검색 결과

Generates, normalizes, and converts bedGraph signal tracks (4-column chrom/start/end/value, 0-based half-open) with bedtools genomecov, deepTools bamCoverage/bamCompare/bigwigCompare, bedtools unionbedg, and UCSC bedGraphToBigWig. Covers why a raw coverage bedGraph is not comparable across samples until normalized, the CPM/RPKM/BPM/RPGC normalization menu and the conserved-total assumption that makes them wrong under a global perturbation, the strict sorted-non-overlapping-chrom.sizes bedGraphToBigWig contract that silently corrupts a bigWig, effective-genome-size selection, and bin-size aliasing. Use when building or normalizing a coverage/signal track from a BAM, comparing tracks across samples or conditions, converting bedGraph to a browser-ready bigWig, or diagnosing a track that looks plausible but reports wrong heights.

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Calls significant loops from protein-directed and targeted 3C assays (HiChIP, PLAC-seq, Capture Hi-C/PCHi-C, ChIA-PET) where the contact background is peak-anchored and coverage-biased, so generic Hi-C loop callers (cooltools dots, Juicer HiCCUPS) use the wrong null. Covers FitHiChIP (config-driven coverage+distance-decay spline regression, peak-to-peak vs peak-to-all foreground, loose vs stringent background, coverage vs ICE bias), MAPS (positive Poisson regression on bias factors for PLAC-seq/HiChIP), hichipper (restriction-site-distance bias model + library QC), CHiCAGO (Delaporte two-component Brownian+technical background for asymmetric bait x other-end Capture Hi-C), the with/without separate-ChIP anchor decision, and differential loops via diffloop. Use when calling loops from HiChIP/PLAC-seq/Capture Hi-C, choosing FitHiChIP/MAPS/CHiCAGO, picking peak-to-all vs peak-to-peak, setting the loop FDR, supplying ChIP peaks as anchors, QCing a HiChIP library, or comparing loops between conditions.

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Build genome-browser-style multi-track figures with pyGenomeTracks (config-driven), Gviz (R), and IGV batch screenshotting. Covers BigWig coverage tracks, BED/peak overlays, gene-model rendering, Hi-C matrix tracks, BedPE link arcs, spike-in-aware normalization, and the bamCoverage --normalizeUsing trap. Use when producing publication figures of genomic loci with stacked aligned tracks (coverage, peaks, genes, interactions) for ChIP-seq, ATAC-seq, RNA-seq, Hi-C, or generic locus visualization.

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This skill should be used when the user asks to "improve test coverage", "add unit tests", "TDD", "test this module", "write tests for", "increase coverage", "/ut command", or discusses unit testing strategies. Covers the unit test loop workflow, React Testing Library best practices, query priorities, and coverage improvement strategies.

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ClawHub에서 Plugin SDK 메서드 등을 참조하는 공개 플러그인 수를 조사합니다. 릴리스 시기와 조사 누락도 확인해 기능 폐기나 동작 변경의 영향 판단을 돕습니다.

• SDK 메서드의 참조 수를 조사할 때
• 최근 릴리스로 조사 범위를 좁힐 때
• 공개 기능 폐기 전 영향을 확인할 때

기술 문서와 에이전트·기여자용 지침 파일을 작성하고 검토합니다. 설명과 운영 절차, 다국어 버전의 일관성을 확인하고 근거가 충분한 문제를 수정합니다.

• 기술 문서 작성 및 갱신
• README와 문서 변경 사항 검토
• 에이전트 지침과 기여 절차 정리

새 테스트와 기존 테스트가 보호하는 동작과 결함을 점검합니다. 중복과 구현 의존성을 검토하고 삭제 근거를 기록하며, 필요한 검증을 남겨 테스트 전용 코드도 정리합니다.

• 새 테스트의 필요성을 확인합니다
• 중복되거나 구현에 의존하는 테스트를 점검합니다
• 테스트만을 위해 공개한 함수를 검토합니다

기능 추가나 리팩터링 후 빌드, 타입, lint, 테스트, 비밀 정보 검색, 변경 차이를 여섯 단계로 확인합니다. 통과 여부와 수정 사항, PR 준비 상태를 보고합니다.

• 기능 추가 후 코드를 검증합니다
• 리팩터링 후 문제를 확인합니다
• PR 생성 전 준비 상태를 확인합니다

실패하는 테스트를 먼저 확인하고 최소한의 구현으로 통과시킨 뒤 코드를 정리합니다. 기능 개발과 버그 수정에서 80% 이상의 테스트 커버리지를 확인하고 검증 결과를 기록합니다.

• 테스트부터 새 기능 구현하기
• 버그를 재현한 뒤 수정하기
• 테스트 통과를 유지하며 코드 정리하기

Quarkus 3.x LTS의 기능 추가와 오류 수정을 테스트부터 진행합니다. API, 이벤트, 비동기 처리를 검증하고 테스트를 통과하는 구현과 커버리지 확인을 지원합니다.

• 테스트부터 작성해 REST API 추가
• 오류 재현 및 수정
• Apache Camel 경로와 이벤트 처리 검증

Quarkus 서비스 변경 후나 배포 전에 빌드, 코드 분석, 테스트와 취약점을 순서대로 확인합니다. 네이티브 실행 파일, 컨테이너와 환경 설정 검증도 다룹니다.

• Quarkus 풀 리퀘스트 전 점검
• 리팩터링과 의존성 업데이트 검증
• 네이티브 실행 파일 호환성 확인

F# 단위 테스트와 통합 테스트를 작성하고 입력을 자동 생성해 속성을 검증합니다. 결과 확인, 의존성 대체, 테스트 구성과 실행을 지원합니다.

• F# 코드에 단위 테스트 추가
• 자동 생성 입력으로 속성 검증
• ASP.NET Core API 통합 테스트

Django 모델, 화면, API를 테스트부터 작성해 구현하고 검증합니다. 테스트 데이터 생성, 외부 서비스 모의 처리, 코드 커버리지 확인도 다룹니다.

• 테스트부터 Django 기능 개발하기
• API 인증과 입력 검증 확인하기
• 재사용할 테스트 데이터 준비하기

C++ 테스트 작성과 수정, GoogleTest·CTest 설정, 실패 원인 조사를 돕습니다. 불안정한 테스트 개선, 커버리지 측정과 실행 중 메모리 오류·동시성 경쟁 검사도 다룹니다.

• C++ 단위·통합 테스트를 작성합니다
• GoogleTest와 CTest를 설정합니다
• 불안정한 테스트의 원인을 조사합니다

Spec Kit의 코드 변경과 풀 리퀘스트를 검토합니다. 설계 문서와의 일치, 정상·오류 상황 테스트, 버그 수정의 재발 방지 근거, 용어 통일을 확인합니다.

• Spec Kit PR 검토
• 정상·오류 상황 테스트 확인
• 버그 수정의 회귀 테스트 확인

구현 전 계획을 기술적으로 검토하고 시스템 구조, 데이터 흐름, 예외 상황, 테스트 범위와 성능을 점검합니다. 쟁점별 권장안을 대화로 검토해 실행 계획을 확정합니다.

• 구현을 시작하기 전 계획 점검
• 시스템 구조와 데이터 흐름 확인
• 예외 상황과 테스트 범위 확인

프로젝트의 검증 스킬과 기능·에이전트 접근 경로 대응표를 소스 및 실제 동작과 대조합니다. 절차와 참조를 수정하고 미검증 범위와 권한상의 부족을 정리합니다.

• 앱 변경 후 검증 절차를 갱신합니다
• 기능과 에이전트 권한을 대조합니다
• 소스 검토와 실행 증거를 구분합니다

Ant Design 테스트가 공개 동작을 보호하는지 정적으로 검토합니다. 구현을 그대로 반복하는 검증과 중복을 찾아 유지, 수정, 삭제 판단과 이유를 제시합니다.

• 테스트의 유지, 수정, 삭제 여부 판단
• 구현을 그대로 반복하는 검증 찾기
• 기존 테스트와 중복되는 검증 확인

Claude Code의 `/loop`로 Ruflo 백그라운드 작업을 주기적으로 실행합니다. 보안 분석과 문서화 등의 진행 상태 확인부터 반복 실행 중지까지 관리합니다.

• 보안 분석을 주기적으로 실행
• 테스트 범위의 부족한 부분을 지속 확인
• 코드 분석이나 문서화를 반복 실행

Claude Code 세션에서 지정한 시각이나 간격으로 감사, 테스트 커버리지 분석 등을 실행할 워커를 등록하고 정기 작업을 확인하거나 해제합니다.

• 15분마다 보안 검사를 실행합니다
• 테스트 커버리지를 정기 확인합니다
• 두 시간마다 API 문서를 생성합니다

Review HSTS, a browser policy that keeps site connections on HTTPS. Check response headers, policy duration, and subdomain coverage, guide server or CDN configuration, and explain the precautions needed before enabling browser preloading.

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• Checking HSTS headers on HTTPS responses
• Configuring HSTS on a web server or CDN
• Reviewing policy duration and subdomain coverage

Identify and test critical workflows where APIs, services, databases, and interface components work together. Review normal behavior, important failures, and CI checks to find gaps that isolated unit tests can miss and keep those interactions continuously verified.

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• Testing interactions between APIs, services, and databases
• Checking components connected to state management
• Reviewing CI coverage for critical workflows

Add or update a focused, reusable test when fixing bugs or changing behavior. Keep it in the project's existing test structure, verify the relevant change, and maintain coverage as the expected behavior evolves.

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• Adding a regression test for a bug fix
• Updating tests when expected behavior changes
• Delivering a reusable test suite required by a specification

Research many companies, people, or topics in parallel using the same required fields. The skill coordinates individual research tasks, combines results into a consistent structure, and reports coverage, failed inputs, and remaining gaps.

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• Researching multiple companies using the same fields
• Screening many people or topics
• Combining independent findings into a consistent result set