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Generate Baujat plots for heterogeneity analysis. Identify studies that contribute most to the overall meta-analysis results and heterogeneity, helping discover potential outlier studies. Input meta-analysis data CSV, output Baujat plot PNG and contribution data CSV.

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Machine learning toolkit for genomic interval (BED) data; use it when you need to tokenize BED collections and train embeddings for regions/cells/labels, build consensus peak universes, or run similarity search and downstream ML on chromatin accessibility datasets.

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Detect and correct for horizontal pleiotropy in Mendelian randomization analyses using MR-PRESSO for outlier removal, MR-Egger regression for directional pleiotropy, and Steiger filtering for variant directionality. Use when validating MR results, detecting pleiotropic instrum...

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Sequence alignment and alignment file processing with Biopython (Bio.Align/Bio.AlignIO), triggered when you need global/local pairwise alignment, MSA read/write/format conversion, or alignment statistics/filtering.

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Use poster layout planner for other workflows that need structured execution, explicit assumptions, and clear output boundaries.

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Decompose genetic effects into direct and indirect paths through mediating variables using the mediation R package. Tests whether gene expression, methylation, or other molecular phenotypes mediate the effect of genetic variants on disease. Use when testing whether a molecular...

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Generates a Meta-analysis results section description for funnel plots, including statistical tables (Egger's, Begg's, Trim & Fill) and figure legends. Supports English and Chinese outputs. Use when user provides a funnel plot image and statistics and wants a formatted report.

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Use Biopython to read/write/convert biological sequence files (FASTA/GenBank/FASTQ, etc.) and perform basic sequence operations; use when you need reliable sequence I/O, lightweight sequence manipulation, or scalable processing of large sequence datasets.

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Helps organize reviewer comments and generate a standardized Word (.docx) response letter that maps each change to its exact location (page/paragraph/line). Use when revising a manuscript, replying to peer-review feedback, or preparing internal review responses.

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Analyze data with `adme-property-predictor` using a reproducible workflow, explicit validation, and structured outputs for review-ready interpretation.

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Use Bio.PDB to parse and analyze protein structures (PDB/mmCIF) for structural bioinformatics tasks; use when you need structure parsing, geometry calculations, or structural comparison/superposition.

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Data structure for annotated matrices in single-cell analysis; use when reading/writing .h5ad (or zarr) and exchanging data with the scverse ecosystem.

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Rewrite drafts according to target writing style or target journal format. Triggers when user says "rewrite in XX style", "match this tone", "format for XX journal", "rewrite following this format". Input can be .docx / .md / .txt or conversation text.

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Extracts clinical trial baseline data (study, region, participants, etc.) from article text or PMID. Checks PubMed for metadata; always falls back to LLM extraction for full details.

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Mock interview preparation tool for residency Match interviews. Generates.

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Analyzes forest plots for meta-analysis, generating detailed descriptions and formatting figure legends in Chinese or English. Use when the user wants to interpret a forest plot image, describe its statistical significance (heterogeneity, p-value), and format the output with s...

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Generates the "Risk of Bias" results section for a meta-analysis based on assessment tables and statistics. Use when the user wants to draft the risk of bias analysis text from provided data tables.

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A comprehensive toolbox for computational molecular biology; use it when you need programmatic sequence/structure parsing, batch bioinformatics pipelines, or automated NCBI/BLAST workflows.

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Advanced sample size and power calculations for complex study designs including survival analysis, clustered designs, and multiple comparisons.

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Use semantic consistency auditor for academic writing workflows that need structured execution, explicit assumptions, and clear output boundaries.

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Use study limitations drafter for academic writing workflows that need structured execution, explicit assumptions, and clear output boundaries.

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Orchestrates a systematic review and meta-analysis workflow following PRISMA 2020 guidelines, from protocol development through multi-database search, screening, data extraction, and evidence synthesis. Use when conducting evidence-based reviews, meta-analyses, or scoping revi...

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Generate professional prior authorization request letters for insurance companies with proper clinical justification and formatting.

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Use when creating radiology educational quizzes, preparing board exam questions, or studying medical imaging cases. Generates interactive quizzes with X-ray, CT, MRI, and ultrasound images for medical education.

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