ATAC-seq library quality control -- TSS enrichment, FRiP, fragment-size periodicity, library complexity (NRF/PBC1/PBC2), mitochondrial fraction, and ENCODE 4 thresholds. Use when assessing whether an ATAC-seq library passes ENCODE acceptance criteria, diagnosing transposition artefacts, comparing Omni-ATAC vs standard prep quality, or selecting which replicates to drop before peak calling.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Validate alignment quality with insert size distribution, proper pairing rates, GC bias, strand balance, and other post-alignment metrics. Use when verifying alignment data quality before variant calling or quantification.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Read, write, and convert multiple sequence alignment files using Biopython Bio.AlignIO. Supports Clustal, PHYLIP, Stockholm, FASTA, Nexus, and other alignment formats for phylogenetics and conservation analysis. Use when reading, writing, or converting alignment file formats.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Test whether two or more traits share a causal variant at a locus using Bayesian colocalization (coloc.abf, coloc.susie, HyPrColoc, moloc, eCAVIAR, SMR/HEIDI, PWCoCo, SharePro). Use when integrating GWAS with eQTL/sQTL/pQTL/mQTL, distinguishing shared causal variants from LD-driven coincidence, handling allelic heterogeneity, choosing between single-causal vs multi-causal methods, picking PP.H4 thresholds, running sensitivity over p12, or harmonising summary statistics for colocalization.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Use when users need bioinformatics analysis on the NCPGR cluster, especially when converting analysis requests into local software choices, resource plans, and LSF job scripts.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Predict enhancer-gene regulatory connections from ATAC-seq using ABC, ENCODE-rE2G, HiChIP, or Cicero. Use when linking distal enhancers to target genes, choosing between contact-aware (ABC, ENCODE-rE2G), accessibility-only (Cicero), and orthogonal (HiChIP H3K27ac, EpiMap) approaches, validating predictions against CRISPRi-FlowFISH gold-standard, or building cell-type-specific regulatory maps for fine-mapping or therapeutic target discovery.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Use this skill when the user asks about trucking rate negotiation — cost-plus pricing, market rate benchmarking via DAT/Truckstop, fuel surcharge math, how to negotiate with brokers/shippers, when to walk away, contract pricing vs spot rates. Reference DAT Rate Analytics + freight market reports.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill to develop the capability to investigate crashes internally. Covers what to look for, when to escalate to outside experts, and documentation standards.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks about oversize / overweight load permits — state-by-state permitting process, escort vehicle (pilot car) requirements, route surveys, federal axle weight limits (Federal Bridge Formula), holiday restrictions, multi-state permits, and how to determine if a load needs a permit. Reference state DOT permitting offices.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks about CMV maintenance program requirements under 49 CFR 396.3 — what records must be kept, retention periods (12-18 months on vehicle file + 1 year after disposal), what counts as systematic inspection/repair/maintenance, preventive maintenance scheduling, brake adjustment records, and what auditors look for in vehicle files. Cite 49 CFR 396.3 + 396.21.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks about getting/maintaining motor carrier operating authority — USDOT number, MC number, BOC-3 process agent, insurance filing (MCS-90, BMC-91/91X), Unified Carrier Registration (UCR), International Registration Plan (IRP), International Fuel Tax Agreement (IFTA), state-level permits (NY HUT, KY weight distance, OR weight-mile, NM weight distance), new entrant safety audit, intra vs interstate, for-hire vs private. Cite 49 CFR 365, 387, 390.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use when a carrier or driver asks about winter trucking, snow chain requirements, hot-weather precautions, summer tire failures, fuel additive use (anti-gel), idle management in extreme temperatures, weight restrictions in spring thaw, or how seasonal demand patterns affect freight rates and capacity.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use when a carrier asks about trailer types — dry van, reefer, flatbed, step-deck, conestoga, tanker, dump, lowboy, intermodal chassis, auto-hauler. Covers length / weight rules, common specs, reefer unit options (Carrier vs Thermo King), liftgate options, kingpin setting, and trailer-to-tractor matching.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks how to build + manage direct shipper relationships — moving from spot market to dedicated lanes, customer scoring + credit assessment, contract terms, dedicated capacity agreements, KPI reporting, and how to handle customer disputes. Reference standard customer-carrier contract terms.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks about CMV roadside inspection levels (Level I through Level VIII), what each level inspects, average inspection times, CVSA decal eligibility, what triggers a level upgrade, and how to coach drivers through a roadside inspection. Reference CVSA North American Standard Inspection Program.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks about CMV vehicle inspections under 49 CFR 396 — DVIRs (Driver Vehicle Inspection Reports), pre-trip inspections, post-trip inspections, periodic inspections, annual inspections, who can perform inspections, OOS criteria, and what makes a "no defect" DVIR valid. Cite 49 CFR 396.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks how to design or improve a Preventive Maintenance (PM) program for a fleet — mileage vs time intervals, A/B/C/D inspection levels, ATA standards, common PM tasks, scheduling software, cost tracking, and how PM affects roadside inspections + CSA scores. Reference ATA Equipment Maintenance Council standards.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill to understand FMCSA tire tread depth requirements. Covers steer tires (4/32 minimum) and other axles (2/32 minimum), and how to measure correctly.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks about team driving — two-driver OTR operations, how teams maximize miles, HOS rules with sleeper berth swap, pay structures, equipment requirements (sleeper berth specs), team retention, and common challenges. Reference 49 CFR 395.1(g).
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks about trucking insurance — types of coverage (commercial auto, cargo, occupational accident, workers comp, bobtail/non-trucking, MCS-90 endorsement), federal minimums (49 CFR 387), what each covers, owner-operator vs company-driver implications, and how to read a Certificate of Insurance (COI). Cite 49 CFR 387.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks how to build, measure, or improve safety culture in a motor carrier — leading vs lagging safety indicators, blame-free reporting, near-miss programs, safety committee structure, monthly safety meetings, ATA Safety Management Program guidance, and how to evaluate cultural maturity. Reference ATA SMP + DOT safety culture research.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks about passenger-carrying CMVs — buses, motorcoaches, charter operations, school buses, limousines, shuttle services. Covers different HOS rules (10-hour driving / 15-hour on-duty / no 34-restart), Class C CDL with P endorsement, S endorsement for school bus, FMCSA Hours-of-Service for passenger vehicles, $5M insurance minimum, BMC-32 filing, accessibility requirements, and how passenger ops differ from property. Cite 49 CFR 395.5 + 387.33.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill for vehicle brake system inspection requirements. Covers daily DVIR, weekly maintenance, brake adjustment check, and the 'percent of out-of-adjustment' rule.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill to evaluate which defensive driving program is best for your fleet. Compares Smith System, CarriersEdge, Compass-native training, and other options.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新