「pe」の検索結果

Orchestrates an end-to-end immune-repertoire pipeline from FASTQ to clonotypes, diversity, overlap, somatic hypermutation and lineages, routing on two forks. Use when deciding bulk vs single-cell (bulk amplicon/RNA-seq -> MiXCR analyze preset -> VDJtools/immunarch depth-normalized diversity and overlap -> figures; 10x paired VDJ -> MiXCR 10x preset or Cell Ranger -> scirpy gene-expression integration, chain QC, clonotype clusters); and TCR vs BCR (TCR -> exact CDR3-nt+V/J clonotypes, VDJtools diversity is fine; BCR -> somatic hypermutation makes exact clonotypes wrong -> Immcantation distToNearest/findThreshold clonal clustering, germline reconstruction, SHM, Dowser lineages); selecting the MiXCR 4.x preset by chemistry and activating its license; downsampling to equal depth before comparing diversity or overlap; and optionally annotating antigen specificity.

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Orchestrates an end-to-end MeRIP-seq / m6A-seq analysis from raw FASTQ to differential m6A peak calls and metagene plots, chaining fastp adapter trimming, STAR splice-aware alignment (NO deduplication for non-UMI MeRIP), deepTools replicate-concordance + IP-enrichment QC, PreSeq saturation curves, exomePeak2 (transcript-aware Poisson GLM) peak calling, optional MACS3 broad-peak cross-check, DRACH motif confirmation as a sanity check (NOT a per-peak filter), exomePeak2 differential calling via the four-BAM-vector interface (bam_ip + bam_input control; bam_treated_ip + bam_treated_input treatment), ChIPseeker annotation, and the canonical Guitar metagene with stop-codon enrichment as the biological QC anchor. Use when running a complete MeRIP analysis from raw reads, when chaining the constituent epitranscriptomics skills (merip-preprocessing -> m6a-peak-calling -> m6a-differential -> modification-visualization), or when wrapping the pipeline in Snakemake / Nextflow.

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The live fieldwork layer for psycho-logic — go look at the actual target market NOW instead of reasoning from your training-data stereotype of it. Use when a psycho-logic move needs grounding in a specific place: the user asks 'what do competitors in [region/country] actually do', 'what's the real price band / norm here', 'how do local leaders position themselves', 'research this market before we localise', 'what signals trust to buyers in X', or is about to launch/adapt in a market you haven't studied. Runs structured web research in the local language — local competitors and their signals, price bands, category conventions, review/trust sources, local terminology, taboos and regulations — and synthesises a compact perception profile the four moves consume. Inspired by Rory Sutherland's *Alchemy*. Routed to from psycho-logic; pair with cultural-context (the lens that tells you what to look for). 日本語・中文の相談（「現地の実態を調べて」「调研当地市场」）にも使う。

Predict B-cell and T-cell epitopes for vaccine antigen design and epitope mapping with BepiPred-3.0, DiscoTope-3.0, the IEDB tools, and EL-mode MHC presentation. Encodes the load-bearing asymmetry that T-cell epitope prediction is mature (it reduces to MHC presentation, AUC>0.9) while B-cell prediction is unreliable (linear predictors ~AUC 0.6 because ~90% of real epitopes are conformational) — so structure-based DiscoTope-3.0 on AlphaFold models is the only defensible B-cell path, propensity scales are obsolete, and NetChop is largely redundant on EL-trained models. Use when mapping epitopes or selecting vaccine antigens. MHC binding lives in mhc-binding-prediction.

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Performs 3D shape-based similarity searching using ROCS (OpenEye), USRCAT (ultra-fast), Open3DAlign (RDKit), ESPSim (electrostatic), and ShaEP with explicit handling of Tanimoto-Combo (shape + color), shape vs ECFP4 complementarity, conformer-ensemble searching, alignment optimization, and scaffold hopping. Use when searching for shape-mimicking compounds with different scaffolds, identifying bioisosteric replacements, prospective scaffold hopping, or expanding hit series beyond 2D similarity.

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Orchestrator for the experimentation skill suite — turn assumptions and product questions into rigorous, well-instrumented experiments and decision-grade readouts. Routes through backlog → spec → runbook → readout based on user need and existing artefacts. Platform-agnostic with PostHog as the primary binding. Load when the user asks to design an experiment, A/B test something, set up an experiment, run a holdout, test a hypothesis, decide what to test next, read out experiment results, analyse a test, or says "should we A/B test this", "experiment on the landing page", "is this lift real", "ship or kill this test", "what should we test next", "build an experiment backlog", "test the pricing page", "validate this with an experiment".

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Predict B-cell and T-cell epitopes for vaccine antigen design and epitope mapping with BepiPred-3.0, DiscoTope-3.0, the IEDB tools, and EL-mode MHC presentation. Encodes the load-bearing asymmetry that T-cell epitope prediction is mature (it reduces to MHC presentation, AUC>0.9) while B-cell prediction is unreliable (linear predictors ~AUC 0.6 because ~90% of real epitopes are conformational) — so structure-based DiscoTope-3.0 on AlphaFold models is the only defensible B-cell path, propensity scales are obsolete, and NetChop is largely redundant on EL-trained models. Use when mapping epitopes or selecting vaccine antigens. MHC binding lives in mhc-binding-prediction.

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Performs 3D shape-based similarity searching using ROCS (OpenEye), USRCAT (ultra-fast), Open3DAlign (RDKit), ESPSim (electrostatic), and ShaEP with explicit handling of Tanimoto-Combo (shape + color), shape vs ECFP4 complementarity, conformer-ensemble searching, alignment optimization, and scaffold hopping. Use when searching for shape-mimicking compounds with different scaffolds, identifying bioisosteric replacements, prospective scaffold hopping, or expanding hit series beyond 2D similarity.

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Use this skill when the user asks about CMV vehicle inspections under 49 CFR 396 — DVIRs (Driver Vehicle Inspection Reports), pre-trip inspections, post-trip inspections, periodic inspections, annual inspections, who can perform inspections, OOS criteria, and what makes a "no defect" DVIR valid. Cite 49 CFR 396.

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opencode CLIの動作確認を行うシンプルなスキル。 インストール状態、runコマンド、モデル応答の3項目をチェックする。 Trigger: opencode動作確認, opencode check, opencodeが動くか確認

Convert per-page styled HTML prototypes (stardust under stardust/prototypes/**, or claude-design / Mobirise / Relume / Lovable / v0 / Figma-derived pages, or JSX prototypes pre-rendered to HTML, often under samples/) into Edge Delivery Services (EDS / AEM) blocks and content pages, then deploy via DA. Each prototype section becomes one EDS block; the prototype's per-section CSS becomes that block's CSS scoped under the block class. Use when the user wants to lift styled per-page HTML prototypes into a working EDS site under blocks/ and content/.

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動作確認やPR用の録画に字幕、注目箇所のズーム、再生速度の変更を加え、元動画を証拠として残しながら説明付きのMP4に仕上げるスキル。

• PR用の録画に説明字幕を付けたいとき
• UIの操作箇所を拡大したいとき
• 動作確認動画の待機時間を短縮したいとき

Slackの認証やメッセージ操作、OpenClawの受信・返信を検証するスキル。APIで確かめた結果と実際の画面操作を区別し、証拠と後片付けを確認します。

• Slackの認証やアクセス権の確認
• メッセージの作成・編集・削除テスト
• OpenClawの受信・返信の検証

OpenClawの既存ドキュメントを、仕様や操作の説明をソースで確かめながら再構成し、詳細の移動先やリンク、書式まで検証するスキル。

• 仕様説明を保ちながらページを短くしたいとき
• 詳細仕様を参照ページへ分けたいとき
• 説明を現在のCLIの動作に合わせたいとき

OpenClaw Control UIの画面変更を、状態別の比較ギャラリーと実ブラウザの操作テストで確認し、利用者のコメントや変更前後の画像を残すスキル。

• 読み込み・空・エラー状態の比較
• 画面変更への意見を集めたいとき
• 模擬Gatewayでチャット操作を検証

Telegramの下書きと最終メッセージが届く順序を、OpenClawのQA Labで検証するスキル。QA Channelと実際のTelegramプラグインで同じシナリオを実行します。

• Telegramの下書きと最終配信を確認
• QA Channelで配信フローを検証
• 実際のTelegramプラグインで検証

OpenClawのリリース候補を人が試すために、隔離コピーなどの検証環境を準備し、テストの進行とフィードバック整理を支援します。公開前の報告確認も扱います。

• Gatewayの隔離コピーで検証したいとき
• 操作画面ごとに人がテストしたいとき
• 公開前に検証報告を確認したいとき

DiscordにつながるOpenClawのエージェントやセッションへ質問を送り、送信先を確認したうえで、セッション側の判断に任せる投稿や明示指定の投稿を扱います。

• Discord側のエージェントに質問したいとき
• 送信前に宛先を確認したいとき
• 投稿の判断をセッションに任せたいとき

ローカルネットワーク上のSonosスピーカーを探し、再生・停止・音量を操作します。複数台のグループ化や、お気に入り・再生キューの管理にも対応します。

• 部屋ごとの再生や音量を変えたいとき
• 複数のスピーカーをグループ化したいとき
• お気に入りや再生キューを操作したいとき

AIエージェントと外部ツールをつなぐMCPサーバーを、コマンドで一覧表示・設定・認証し、ツールの呼び出しや入出力の仕様確認まで行うスキル。

• MCPツールと引数の仕様確認
• MCPの接続設定と認証
• JSON引数でツールを呼びたいとき

OpenClawの管理画面でセッションや画面配置を整理し、ダッシュボードを作るスキル。接続先の確認や、遠隔公開時の表示・通信不具合の調査も扱います。

• セッションをグループ化・固定したいとき
• 専用セッションにダッシュボードを作成
• タブやウィジェットを配置したいとき

対話型CLIやSSH、開発用プロセスを新しいターミナルで開くために、実行内容と引数を保った起動計画を作り、対応環境の検出や復旧手順も扱うスキル。

• 対話型CLIを別ウィンドウで開きたいとき
• SSH接続や開発プロセスの起動
• 起動せずに実行計画を確認したいとき

JavaScript・TypeScriptでEthereum用のハッシュ処理を実装・点検し、SHA3との混同による関数識別子や署名、アドレス算出の誤りを防ぐスキル。

• 関数セレクターやイベント識別情報の計算
• 署名や保存位置のハッシュ処理の点検
• 公開鍵からアドレスを算出したいとき

Webページの表示や操作、APIの応答、ビルド・テストの所要時間を計測するスキル。変更前後の結果を比較し、Gitで共有する基準値をもとに性能の悪化を確認します。

• コード変更前後の性能比較
• ページが遅いという報告の調査
• 公開前に性能目標を確認したいとき