「plugins」の検索結果

Dispatch bulk RNA-seq requests to FASTQ-to-count QC or count-matrix differential-expression skills using nf-core/rnaseq, STAR, Salmon, featureCounts, MultiQC, and R/Bioconductor workflows.

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Capture conversations and decisions into structured Notion pages; use when turning chats/notes into wiki entries, how-tos, decisions, or FAQs with proper linking.

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Use when asked to run deep research or AI-Q research through a reachable NVIDIA AI-Q Blueprint backend.

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Turn Notion specs into implementation plans, tasks, and progress tracking; use when implementing PRDs/feature specs and creating Notion plans + tasks from them.

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Fetch compact TPMI PheWAS summaries for single variants by accepting rsID, GRCh37, or GRCh38 input and resolving to the required GRCh38 query. Use when a user wants concise TPMI association results for one variant

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Run or plan bulk RNA-seq differential-expression analysis from count matrices with replicate, design formula, contrast, batch, normalization, QC plot, and result-table checks.

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Route single-cell or single-nucleus RNA-seq FASTQs to public count-generation workflows and defer post-count matrix QC, annotation, clustering, and UMAP analysis to the embedded scrna-seq-qc skill.

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Dispatch WGS, WES, or targeted DNA variant requests to germline, somatic, or UMI-panel skills, then plan public nf-core/sarek, GATK4, DeepVariant, samtools, or bcftools workflows.

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Run or plan deep germline WGS, WES, targeted-panel, cohort, or trio variant-calling workflows with reference-build, known-sites, QC, joint-calling, and annotation checks.

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Submit compact NCBI PMC Open Access requests for article/file availability metadata. Use when a user wants concise PMC Open Access summaries; save raw XML only on request.

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Submit compact PharmGKB API requests for genes, variants, clinical annotations, dosing guidelines, and search. Use when a user wants concise PharmGKB summaries

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Route BCL, FASTQ, BAM/CRAM, count-matrix, or VCF sequencing requests to the right public NGS analysis skill and ask only the missing assay-specific setup questions.

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This skill installs mixpanel_headless, pandas, numpy, matplotlib, seaborn, networkx, anytree, scipy (and pyarrow on Python 3.11+), then verifies Mixpanel credentials. It should be invoked when setting up a new environment for Mixpanel data analysis, when dependencies are missing, or when configuring service account or OAuth credentials for the first time.

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Run or plan targeted DNA panel variant workflows that use UMIs, duplex consensus reads, molecular barcodes, low-frequency calling, target coverage, and panel-specific QC.

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Process, quality-control, annotate, and visualize single-cell or single-nucleus RNA-seq datasets across tissues and species. Use when Codex needs to build, adapt, or review a general scRNA-seq QC pipeline; choose dataset-appropriate cell-level filters from QC distributions; run required scDblFinder-based doublet and ambient-RNA filtering; annotate cells with matched references or marker-based fallbacks; or generate global and per-group UMAP visualizations for large scRNA-seq datasets.

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Research across Notion and synthesize into structured documentation; use when gathering info from multiple Notion sources to produce briefs, comparisons, or reports with citations.

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Fetch compact UKB-TOPMed PheWAS summaries for single variants by accepting rsID, GRCh37, or GRCh38 input and resolving to the required GRCh38 query. Use when a user wants concise UKB-TOPMed association results for one variant

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Run or plan ChIP-seq, CUT&RUN, or CUT&Tag QC, control handling, spike-in, peak calling, broad-vs-narrow target selection, replicate, bigWig, and differential binding workflows.

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Submit compact NCBI Entrez E-Utilities requests for PubMed, Gene, Protein, Nucleotide, PMC metadata, and GEO metadata workflows. Use when a user wants concise Entrez search, fetch, summary, or link results; save raw JSON or XML only on request.

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Full CRUD and analysis for Mixpanel dashboards. Use when the user asks to build, create, analyze, read, understand, explain, modify, update, enhance, or manage dashboards, or asks about dashboard layout, text cards, or report arrangement. Covers dashboard analysis (read + understand existing), creation (new builds), modification (update existing), and explanation (data-driven annotation).

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Kick off public 16S, 18S, ITS, COI, or other marker-gene amplicon microbiome workflows using nf-core/ampliseq, QIIME2, DADA2, and Cutadapt.

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Submit compact PubChem PUG REST requests for compound properties, descriptions, assay summaries, and substance metadata. Use when a user wants concise PubChem summaries

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Submit compact RCSB PDB requests for core metadata, Search API queries, and FASTA downloads. Use when a user wants concise RCSB summaries; save raw JSON or FASTA only on request.

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Submit compact QuickGO requests for GO terms, annotations, and ontology traversal. Use when a user wants concise QuickGO summaries

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