データ・AIのスキル

分子を識別するUMIを使う標的DNAパネルの変異解析を計画・実行し、分子数や標的領域のカバレッジ、低頻度変異の判定根拠と品質を整理するスキル。

• UMI付きDNAパネルの解析を計画したいとき
• 分子深度と標的カバレッジの確認
• 低頻度変異の判定根拠を確認したいとき

bulk RNA-seqのカウント行列から条件間の遺伝子発現差を解析し、反復数や実験設計、バッチ差、品質を確認しながら比較別の結果表と図を作るスキル。

• 実験条件間の遺伝子発現を比較したいとき
• ドナー対応やバッチ差を含む解析設計
• PCAや距離図によるサンプル品質確認

ATAC-seqのデータから、DNAの開きやすい領域を調べる解析を計画・実行します。品質確認から領域の検出、反復試料の比較、条件間の差の解析まで扱うスキル。

• ATAC-seq試料の品質確認
• FASTQやBAMから領域を検出したいとき
• 反復試料の共通ピーク作成

腫瘍と正常組織、または腫瘍のみのDNAデータから体細胞変異を調べる解析を計画・実行します。検体の対応関係や混入、品質、変異への注釈付けも確認します。

• 腫瘍と正常組織の比較解析を計画
• 腫瘍のみの解析条件と限界を確認
• 全ゲノム・エクソーム・パネルの品質確認

Mixpanelのダッシュボードを作成・更新し、既存レポートの実データを分析するスキル。指標の傾向や関連を整理し、配置の調整や解説カードの追加にも対応します。

• 既存ダッシュボードの指標を理解したいとき
• プロダクトの状態を確認する画面作り
• レポートの配置や指標を見直したいとき

シーケンスデータの形式と解析目的を確認し、適切なNGS解析スキルへ案内します。不足する条件だけを質問し、実行環境や参照データの準備計画まで整理します。

• シーケンスデータから解析方法を選びたいとき
• RNA-seqや変異解析の条件整理
• ツール確認と導入計画の作成

バルクRNA-seqの入力データと解析目的を確認し、配列データからのカウント生成・品質確認、または遺伝子発現の差を調べる統計解析へ振り分けます。

• FASTQからカウント表を作りたいとき
• 試料群間の発現差を調べたいとき
• 品質確認と統計解析をまとめて計画

IlluminaのBCLデータをFASTQへ変換するために、ランフォルダーとサンプルシートを検証し、試料ごとの振り分け設定から変換後の指標確認まで支援するスキル。

• 変換前のランとサンプルシートの検証
• インデックス・UMI・レーン設定の確認
• IlluminaのBCLをFASTQへ変換

全ゲノム・エクソーム・遺伝子パネルのデータから、生殖細胞系列のDNA変異を検出する解析を計画・実行します。参照配列の整合性や品質、複数検体の統合解析も確認します。

• シーケンスデータの変異検出を計画したいとき
• 集団や家族の統合解析を準備したいとき
• 参照資源と解析品質を確認したいとき

ChIP-seq・CUT&RUN・CUT&Tagの品質確認と、信号が集中する領域の検出を計画・実行するスキル。対照試料や反復試料を確認し、可視化や条件間比較の準備も支援します。

• データ品質と濃縮信号を確認したいとき
• 標的に合うピーク幅を選びたいとき
• bigWigと品質レポートの作成

16SやITSなどの遺伝子領域を読んだFASTQから、微生物群集解析を進めるスキル。品質確認、配列の集計、分類群の推定、多様性の可視化を支援します。

• FASTQの品質と解析準備を確認したいとき
• ASV表や分類表を作成したいとき
• 微生物群集の多様性や構成の可視化

DNAの配列データから変異を検出する解析を、遺伝性・がん・分子バーコード付きパネルなどの試料条件に応じて振り分け、必要な入力確認と解析手順の計画を支援します。

• WGS・WES・パネルの解析手順選び
• 遺伝性・がん・UMI解析の振り分け
• 参照ゲノムと必要な入力の確認

bulk RNA-seqの読み取りデータから発現量を集計し、カウント行列を作成する処理を計画・実行します。参照配列や試料情報の整合性と品質も確認します。

• FASTQからカウント行列を作りたいとき
• 参照ファイルと試料情報の点検
• 対応付けと発現量推定の品質確認

Mixpanelのデータ分析に必要なPythonライブラリを導入し、認証情報と接続状態を確認します。初回セットアップや依存パッケージ不足、認証設定の案内に使えます。

• Mixpanel分析環境を新設したいとき
• 不足するPythonライブラリの導入
• サービスアカウントやOAuthの初期設定

遺伝子発現との関連を調べるため、1つの遺伝的変異をrsIDやゲノム座標で指定し、GTExの組織別eQTL関連データを取得してJSONにまとめます。

• rsIDの組織別eQTLを調べたいとき
• GRCh37座標でGTExを検索したいとき
• 取得行数を絞ってJSONで受け取りたいとき

gnomADから遺伝子変異の頻度や遺伝子の制約指標、転写産物への影響を絞って取得し、短く要約します。必要に応じて取得結果全体をJSONで保存する用途にも対応します。

• 特定の遺伝子変異の頻度確認
• 遺伝子の制約指標を調べたいとき
• 変異の転写産物への影響確認

疾患・形質名や遺伝子変異を起点に、関連するゲノム領域の候補遺伝子を複数の根拠で順位付けし、出典・信頼度・限界を添えた表と要約にまとめます。

• 疾患・形質の候補遺伝子探索
• 指定した代表変異からの候補順位付け
• 遺伝子ごとの根拠と関連組織の比較

単一の遺伝的変異について、rsIDやGRCh37・GRCh38の座標からFinnGenの関連結果を取得し、問い合わせた変異、関連件数、省略の有無を簡潔にまとめます。

• rsIDから単一変異の関連を調べたいとき
• GRCh37・GRCh38の座標で検索
• 関連件数と結果の省略を確認したいとき

分析やダッシュボードに使うデータの欠損・重複・更新遅延などを調べ、根拠や指標定義の食い違いも確認して、利用上のリスクと必要な修正を整理します。

• 欠損や重複を点検したいとき
• データ品質の急変を調べたいとき
• データ源や指標定義の差を調べたいとき

検証済みの分析レポートやダッシュボードをSitesに公開し、共有用URLを届けます。閲覧権限を確認し、作成者による見出しやレイアウトの編集にも対応します。

• 完成した分析レポートの共有
• ダッシュボードのスナップショット公開
• 既存のレポートSiteの更新

SQLやPythonの分析を、読み返して再実行できるJupyterノートブックにまとめます。作成・編集から実行検証まで扱い、前提条件やデータ出典、結果を整理します。

• 引き継ぎ用の分析ノートブック作成
• 実験記録やデータ品質チェックの整理
• 既存ノートブックの可読性と再実行性の改善

指標の定義や信頼するデータ源、分析時の注意点を、後から参照できるスキルとして保存・更新します。今後の分析で共有したいデータの読み方を整理できます。

• 指標の定義を次回の分析用に保存
• 信頼する出典や定義の食い違いを整理
• 既存のセマンティックレイヤーを更新

事業や製品の実データを基に、指標の定義、グラフ、絞り込みを備えたダッシュボードを作ります。データの鮮度や数値の整合性も確認し、継続的な状況把握や要因分析を支えます。

• 事業や製品の主要指標を監視したいとき
• 定例レビュー用ダッシュボードの作成
• 推移や区分別の違いを調べたいとき

数値データで伝えたい比較や傾向に合わせてグラフを選び、作成・修正・品質確認を行います。軸や単位、配色、データ量を点検し、レポートやダッシュボードでの見やすさを整えます。

• 分析の目的に合うグラフを選びたいとき
• 読みにくいグラフを改善したいとき
• レポートやダッシュボードの図表点検