リサーチ・学習のスキル

タンパク質の名前や遺伝子名からUniProtを検索し、配列や機能の注釈を取得します。FASTA形式での取得、他データベースとのID変換、大量データの一括取得にも対応します。

• 遺伝子名と生物種でタンパク質を探したいとき
• タンパク質配列をFASTAで取得したいとき
• データベース間でIDを変換したいとき

学術誌・学会への投稿や研究ポスター作成に向け、投稿先別のLaTeXテンプレートを選び、著者情報の反映からページ数・余白・匿名化などの書式確認まで支援します。

• 投稿先に合わせて論文を整えたいとき
• 学会の書式と匿名化要件の確認
• 研究ポスターのテンプレート選び

検索からページ閲覧、リンクの追跡、情報抽出まで繰り返し、根拠を確認しながらウェブ調査を進めます。出典一覧と操作履歴を残し、構造化した報告書にまとめます。

• 複数のウェブ資料で競合を調べたいとき
• リンクをたどって技術を調査したいとき
• 根拠を追跡できる調査報告書の作成

論文や報告書の投稿前確認から査読への回答、最終原稿・校正までを段階別のチェックリストに整理します。各項目を成果物に結び付け、提出書類と修正内容を追跡しやすくします。

• 論文の投稿前確認
• 提出ファイルと添え状の整理
• 査読コメントへの対応管理

論文や統計、技術資料を出典付きで調べ、執筆や事実確認に役立つ情報を整理します。質問の複雑さに応じて検索用と分析用のモデルを自動で選びます。

• 原稿に引用する論文を探したいとき
• 主張や統計の根拠を確認したいとき
• 複数の研究結果を比較したいとき

科学論文や研究上の主張を、実験設計・統計・偏りの観点から吟味するスキル。根拠の強さと結論の妥当性を整理し、研究の長所や問題点、改善案を具体的に示します。

• 論文の結論を支える根拠の評価
• 研究の偏りや統計の誤解を探したいとき
• 相反する研究結果の比較

RowanのPython APIで分子の性質予測、構造最適化、タンパク質と小分子の結合予測を進めます。クラウドで計算を実行し、複数分子の処理や結果取得も扱います。

• Rowanで分子のpKaを一括予測
• Rowanで構造最適化と立体配置の比較
• Rowanで結合配置や複合体構造の予測

論文や研究計画を研究課題・方法・分析・文章などの観点から評価し、必要に応じた採点と具体的な根拠、優先順位付きの改善案をまとめるスキル。

• 学術誌・学会への投稿前レビュー
• 研究課題と方法の妥当性評価
• 文献レビューの網羅性と統合の評価

米国のNSF・NIH・DOE・DARPAと台湾NSTC向けに、審査基準や書式に沿った研究助成申請書、研究計画、予算根拠の作成を支援します。

• 研究助成の申請書を作りたいとき
• 研究の意義や新規性の整理
• 予算根拠と工程表の作成

研究・技術レポートを、要約、方法、結果、考察の順に組み立てるスキル。図表の読みやすさと結果の再現性・追跡性を確認し、MarkdownやHTML、PDFにまとめます。

• 研究・技術レポートの構成づくり
• 再現に必要な方法や条件の記録
• 図表の可読性と結論の根拠確認

研究テーマや方法のアイデアを対話で広げるスキルです。既存研究の前提を問い直し、異分野の知見や論文の組み合わせから、研究の空白と次の方向性を探ります。

• 新しい研究テーマや方向性の検討
• 異分野との接点を見つけたいとき
• 既存研究の前提を見直したいとき

論文の投稿から査読対応・最終版まで、必要な原稿や図表、添付書類を一式に整理します。投稿先の要件確認、回答表の作成、再現可能なビルドの整備も支援します。

• 学術誌・学会への投稿準備
• 査読コメントに逐条回答したいとき
• 出版前の最終ファイル確認

Zoteroの文献を検索・追加・更新し、コレクションやタグを整理します。PythonからPDF添付や引用情報の書き出しを扱い、文献管理を自動化します。

• 文献ライブラリの検索と整理
• 文献の追加・書誌情報の修正
• 文献へのPDF添付

創薬向けの化合物群に薬らしさの経験則や問題となり得る構造のフィルターを適用し、官能基・物性・分子の複雑さも調べて候補の絞り込みと優先順位付けを支援します。

• 化合物群から創薬候補を絞る
• 問題となり得る構造の検出
• 化合物の改良候補の優先順位付け

方程式や微積分、行列の計算から単位換算、数学の概念説明まで、依頼に応じた計算ツールや分野別スキルを選び、一つの窓口で扱うスキルです。

• 方程式や積分を解きたいとき
• 行列の固有値を求めたいとき
• 単位を換算したいとき

結晶構造の作成・変換から対称性、材料の安定性、電子状態の解析まで、Pythonでの材料研究を支援し、Materials Projectのデータ取得も扱うスキル。

• CIFとPOSCARの相互変換
• 結晶の対称性と近接原子の解析
• 相図作成と材料の安定性評価

学術論文をテーマ・著者・研究機関で検索し、引用数や年ごとの出版動向を調べます。無料公開論文の抽出や、分析用データのCSV出力にも対応します。

• 研究テーマの論文を探したいとき
• 著者・研究機関の業績調査
• 出版動向と引用の分析

最新情報や科学論文をPerplexityで検索し、出典付きの回答を得るスキル。調査内容に応じたモデル選びや質問の組み立て、結果の保存も支援します。

• 最近の科学論文を探したいとき
• 出典付きで事実確認したいとき
• 最新の技術や手法を比較したいとき

医学・生命科学の文献をPubMedで検索し、抄録や書誌情報を整理するスキル。専門用語や条件を組み合わせた検索式の作成から、API経由の一括取得まで扱います。

• システマティックレビューの文献検索
• 著者・発表年・研究種別で論文を絞る
• 抄録と書誌情報の一括取得

解きたい問題の変化、不確実性、最適化の目的、必要な精度を質問で整理し、微分方程式や統計など適した数学の枠組みと最初の取り組み方を提案します。

• 現実の問題に合う数学を選びたいとき
• 離散変化と連続変化のモデル選び
• 不確実性や最適化を扱う手法選び

NIH Metabolomics WorkbenchのAPIから、代謝物の構造や研究データを取得し、名称の標準化や質量分析による候補検索を行うスキル。

• 特定の代謝物を測定した研究の検索
• RefMetによる代謝物名の標準化
• 質量分析値から化合物候補を探したいとき

LaTeXやPDFの学術論文から、研究紹介サイト、ナレーション付き動画、印刷用ポスターを作成し、学会発表や研究成果の発信に使う資料を整えるスキル。

• 学会ポスターの準備
• 論文紹介サイトの作成
• 音声付き動画要旨の制作

科学論文や研究助成申請を、研究方法・統計・再現性・倫理などの観点から点検します。重要な問題と軽微な修正を分け、具体的な改善案を含む査読文をまとめます。

• 学術誌向けの査読文を作りたいとき
• 研究助成申請の評価
• 改訂前に研究方法と統計報告を点検

形式論理・モデル理論・計算可能性・数学基礎論を扱うための資料構成と、出典や未検証事項を確認する手順を示します。内容は更新待ちの旧テンプレートです。

• 形式論理の資料の出典を確認したいとき
• 分野別資料の未検証事項の整理
• 数学基礎論の資料の検証計画