Unified Python access to 40+ bioinformatics web services; use when you need to query multiple databases (e.g., UniProt/KEGG/ChEMBL/Reactome) with one consistent API in a single workflow, especially for cross-database analysis and identifier mapping.
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aipoch/medical-research-skills☆ 2천2026년 9월 17일 업데이트
DNAnexus cloud genomics platform. Build apps/applets, manage data (upload/download), dxpy Python SDK, run workflows, process FASTQ/BAM/VCF, for developing and executing genomics pipelines.
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Generate forest plots for meta-analysis of survival data. Input is a CSV file containing study names, HR and 95% confidence intervals, output forest plot PNG and data table CSV. Supports both R and Python scripts.
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Generate Meta-analysis funnel plots and perform publication bias testing. Takes CSV file with Meta-analysis data as input, outputs funnel plot PNG, Egger test and Begg test results.
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Extracts clinical trial baseline data (study, region, participants, etc.) from article text or PMID. Checks PubMed for metadata; always falls back to LLM extraction for full details.
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Decompose genetic effects into direct and indirect paths through mediating variables using the mediation R package. Tests whether gene expression, methylation, or other molecular phenotypes mediate the effect of genetic variants on disease. Use when testing whether a molecular...
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Advanced Biopython modules for motifs, population genetics, sequence utilities, restriction analysis, clustering, and GenomeDiagram visualization; use when you need extended bioinformatics analysis beyond basic sequence I/O and alignment.
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A comprehensive toolbox for computational molecular biology; use it when you need programmatic sequence/structure parsing, batch bioinformatics pipelines, or automated NCBI/BLAST workflows.
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Analyze data with `adme-property-predictor` using a reproducible workflow, explicit validation, and structured outputs for review-ready interpretation.
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Sequence alignment and alignment file processing with Biopython (Bio.Align/Bio.AlignIO), triggered when you need global/local pairwise alignment, MSA read/write/format conversion, or alignment statistics/filtering.
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Detect and correct for horizontal pleiotropy in Mendelian randomization analyses using MR-PRESSO for outlier removal, MR-Egger regression for directional pleiotropy, and Steiger filtering for variant directionality. Use when validating MR results, detecting pleiotropic instrum...
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Use Bio.PDB to parse and analyze protein structures (PDB/mmCIF) for structural bioinformatics tasks; use when you need structure parsing, geometry calculations, or structural comparison/superposition.
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Data structure for annotated matrices in single-cell analysis; use when reading/writing .h5ad (or zarr) and exchanging data with the scverse ecosystem.
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Use Biopython to read/write/convert biological sequence files (FASTA/GenBank/FASTQ, etc.) and perform basic sequence operations; use when you need reliable sequence I/O, lightweight sequence manipulation, or scalable processing of large sequence datasets.
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Use Bio.Phylo to read/write phylogenetic trees and perform visualization and statistics; use when tree parsing/conversion, pruning/rerooting, distance calculation, or plotting is required.
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Generate photorealistic rendering scripts for PyMOL and UCSF ChimeraX.
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Use when creating journal cover images, generating scientific artwork prompts, or designing graphical abstracts. Creates detailed prompts for AI image generators to produce publication-quality scientific visuals.
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Generates complete conventional non-oncology diagnostic machine-learning research designs from a user-provided disease context, optional mechanism theme, and validation direction. Use when a study centers on disease-vs-control transcriptome comparison, optional mechanism-gene restriction, feature shrinkage, diagnostic model construction, ROC / calibration / DCA evaluation, interpretation layers, and orthogonal validation. Covers five study patterns and always outputs Lite / Standard / Advanced / Publication+ with a recommended primary plan, stepwise workflow, figure plan, validation hierarchy, minimal executable version, publication upgrade path, and strictly verified literature retrieval.
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Generates complete tumor immune-infiltration-guided bulk-transcriptome diagnostic biomarker and machine-learning research designs from a user-provided cancer type and study direction. Always use this skill whenever a user wants to design, plan, or build a tumor bioinformatics study centered on differential expression, immune infiltration estimation, immune-linked module discovery, consensus feature selection, diagnostic modeling, nomogram construction, clinical association, and optional prognostic extension or validation. Covers five study patterns (immune-cell-first diagnostic workflow, immune-module-to-biomarker workflow, consensus-ML biomarker workflow, diagnostic-plus-prognostic hybrid workflow, translational validation workflow) and always outputs four workload configs (Lite / Standard / Advanced / Publication+) with recommended primary plan, step-by-step workflow, figure plan, validation strategy, minimal executable version, publication upgrade path, reference literature pack, and self-critical risk review.
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Use when performing time-dependent ROC curve analysis for survival data with follow-up time, event status, and a numeric marker. Supports CSV/TXT/TSV/Excel input, `risk_score` as the default marker unless `--marker_col` is provided, parameter validation, standardized output directories, AUC table export, ROC point export, and PDF figure generation.
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Use when assessing how well a survival model's predicted probabilities agree with observed outcomes by fitting a Cox model and generating bootstrap calibration curves at one or more prediction horizons from a clinical CSV file. NOT for: nomogram construction, univariate Cox screening, ROC analysis, or decision-curve analysis.
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Use when you need a standardized R CLI workflow to run two-class SVM-RFE feature ranking on an expression-like matrix, choose an informative feature count from cross-validated error, and generate reproducible ranking and error plots. NOT for regression, multi-class classification, missing-value imputation, or remote data fetching.
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Use when building XGBoost models on tabular data and returning feature importance ranking outputs. Supports binary classification and regression with automatic task detection, train-test split, performance tables, feature importance ranking tables, and PNG importance plots.
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Use when evaluating diagnostic biomarker performance from case-control expression data with logistic regression and ROC curves, exporting coefficient and AUC tables together with a ROC PDF. NOT for: survival analysis, time-to-event outcomes, multiclass classification, calibration curves, decision-curve analysis, or nomogram construction.
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