Comprehensive quality control for CLIP-seq libraries (eCLIP, iCLIP, iCLIP2, PAR-CLIP) covering library complexity (preseq), FRiP, IDR replicate reproducibility, read-distribution metagene, SMInput vs IgG control rationale, rRNA / snoRNA contamination, fragment-length distribution, and ENCODE-compliance thresholds. Use when assessing whether a CLIP library passed, deciding lenient vs stringent peak thresholds, comparing replicates with IDR rescue and self-consistency ratios, or distinguishing failed IP from over-amplified library.
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lilinji/GeneTind-Life-Skills☆ 142026年8月21日 更新
Assesses that CGM low- and high-glucose alarm thresholds are individualized to optimize patient benefit and minimize alarm fatigue. Triggered by clinician prompts to 'Review low-glucose alarm thresholds' or 'Ensure alarms are individualized and not excessive'.
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dromlakhani/MD2SKILL☆ 132026年10月5日 更新
Detect network reconnaissance and port scanning using Suricata and Snort IDS signatures, threshold-based detection rules, and traffic anomaly analysis to identify Nmap, Masscan, and custom scanning activity.
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andycungkrinx91/konoha☆ 92026年10月9日 更新
Track independent contractor payments, collect W-9s, determine 1099-NEC filing requirements, and avoid penalties. Covers the $600 threshold (2025) and $2,000 threshold (2026), Jan 31 deadline, corporate exceptions, backup withholding, and penalty schedule ($60–$660/form). Trigger on "1099", "contractor payment", "do I need to file a 1099", "W-9", "independent contractor".
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Receiptor-AI/bookkeeping-skills☆ 72026年6月3日 更新
蓄積された生の学び(knowledge/raw/)を整理・統合する。 ディスパッチャーが worker クローズ時の閾値チェック (tools/check_curate_threshold.py) 超過でオンデマンド起動した キュレーターから 1 回だけ呼び出される(常駐 /loop は廃止)。 手動で「知見を整理して」と言われたときにも使う。
suisya-systems/claude-org-ja☆ 52026年10月12日 更新
Detect network reconnaissance and port scanning using Suricata and Snort IDS signatures, threshold-based detection rules, and traffic anomaly analysis to identify Nmap, Masscan, and custom scanning activity.
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micsapp/micstec-skills☆ 42026年3月20日 更新
Controls error rates across thousands of simultaneous tests in genomics discovery using false-discovery-rate methods (Benjamini-Hochberg 1995; Benjamini-Yekutieli 2001 for arbitrary dependence; Storey q-value with pi0 estimation; local FDR; independent filtering Bourgon 2010; covariate-weighted FDR via IHW Ignatiadis 2016), plus family-wise error control (Bonferroni, Holm) and the GWAS genome-wide threshold. Covers the FDR-versus-FWER choice as the discovery-versus-confirmatory distinction, the dependence assumptions behind BH (PRDS) versus BY, pi0 estimation, the independent-filtering and false-coverage-rate traps, and reproducibility ranking via IDR (Li 2011). Use when correcting p-values from genome-wide tests, choosing between BH/BY/q-value/Bonferroni, setting an FDR threshold, applying IHW or independent filtering, or interpreting q-values. For confirmatory trials with few pre-specified endpoints (closed testing, graphical/gatekeeping), see clinical-biostatistics/multiplicity-graphical.
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huang-sh/DeepScience☆ 42026年7月15日 更新
Controls error rates across thousands of simultaneous tests in genomics discovery using false-discovery-rate methods (Benjamini-Hochberg 1995; Benjamini-Yekutieli 2001 for arbitrary dependence; Storey q-value with pi0 estimation; local FDR; independent filtering Bourgon 2010; covariate-weighted FDR via IHW Ignatiadis 2016), plus family-wise error control (Bonferroni, Holm) and the GWAS genome-wide threshold. Covers the FDR-versus-FWER choice as the discovery-versus-confirmatory distinction, the dependence assumptions behind BH (PRDS) versus BY, pi0 estimation, the independent-filtering and false-coverage-rate traps, and reproducibility ranking via IDR (Li 2011). Use when correcting p-values from genome-wide tests, choosing between BH/BY/q-value/Bonferroni, setting an FDR threshold, applying IHW or independent filtering, or interpreting q-values. For confirmatory trials with few pre-specified endpoints (closed testing, graphical/gatekeeping), see clinical-biostatistics/multiplicity-graphical.
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peacezha/TRACE☆ 32026年10月11日 更新
Infers person-to-person transmission from pathogen genomes using outbreaker2 (Campbell 2018), TransPhylo (Didelot 2017), phybreak (Klinkenberg 2017), BadTrIP (De Maio 2018), SCOTTI (De Maio 2016), BEASTLIER (Hall 2015), and SNP-distance / cluster-picker approaches (HIV-TRACE for HIV; transcluster). Defines outbreak clusters using pathogen-specific SNP thresholds (NOT a universal cutoff -- TB <=12 SNPs / Walker 2013; MRSA <=15 / Coll 2017; C. difficile <=2 / Eyre 2013; Klebsiella <=21 / Snitkin 2012), models within-host diversity and transmission bottlenecks (Worby-Lipsitch-Hanage 2014; McCrone 2018; Sobel Leonard 2017; Lythgoe 2021 SARS-CoV-2), integrates contact-tracing data, distinguishes generation interval from serial interval (Britton & Scalia Tomba 2019; Ali 2020), attributes source via Bayesian source attribution (Mather 2013 DT104; islandR), and reconciles transmission-network reconstruction with epi metadata. Use when investigating outbreaks for who-infected-whom, defining SNP-cluster outbreak definitions, accounting for unsampled intermediates, choosing between outbreaker2 (rich epi data) and TransPhylo (genomic-only after dated phylogeny), running source attribution between host populations, calling HIV-TRACE thresholds appropriate to the local subtype, or distinguishing recent transmission from reactivation in TB / chronic HIV.
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peacezha/TRACE☆ 32026年10月11日 更新
Comprehensive quality control for CLIP-seq libraries (eCLIP, iCLIP, iCLIP2, PAR-CLIP) covering library complexity (preseq), FRiP, IDR replicate reproducibility, read-distribution metagene, SMInput vs IgG control rationale, rRNA / snoRNA contamination, fragment-length distribution, and ENCODE-compliance thresholds. Use when assessing whether a CLIP library passed, deciding lenient vs stringent peak thresholds, comparing replicates with IDR rescue and self-consistency ratios, or distinguishing failed IP from over-amplified library.
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peacezha/TRACE☆ 32026年10月11日 更新
Controls error rates across thousands of simultaneous tests in genomics discovery using false-discovery-rate methods (Benjamini-Hochberg 1995; Benjamini-Yekutieli 2001 for arbitrary dependence; Storey q-value with pi0 estimation; local FDR; independent filtering Bourgon 2010; covariate-weighted FDR via IHW Ignatiadis 2016), plus family-wise error control (Bonferroni, Holm) and the GWAS genome-wide threshold. Covers the FDR-versus-FWER choice as the discovery-versus-confirmatory distinction, the dependence assumptions behind BH (PRDS) versus BY, pi0 estimation, the independent-filtering and false-coverage-rate traps, and reproducibility ranking via IDR (Li 2011). Use when correcting p-values from genome-wide tests, choosing between BH/BY/q-value/Bonferroni, setting an FDR threshold, applying IHW or independent filtering, or interpreting q-values. For confirmatory trials with few pre-specified endpoints (closed testing, graphical/gatekeeping), see clinical-biostatistics/multiplicity-graphical.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Infers person-to-person transmission from pathogen genomes using outbreaker2 (Campbell 2018), TransPhylo (Didelot 2017), phybreak (Klinkenberg 2017), BadTrIP (De Maio 2018), SCOTTI (De Maio 2016), BEASTLIER (Hall 2015), and SNP-distance / cluster-picker approaches (HIV-TRACE for HIV; transcluster). Defines outbreak clusters using pathogen-specific SNP thresholds (NOT a universal cutoff -- TB <=12 SNPs / Walker 2013; MRSA <=15 / Coll 2017; C. difficile <=2 / Eyre 2013; Klebsiella <=21 / Snitkin 2012), models within-host diversity and transmission bottlenecks (Worby-Lipsitch-Hanage 2014; McCrone 2018; Sobel Leonard 2017; Lythgoe 2021 SARS-CoV-2), integrates contact-tracing data, distinguishes generation interval from serial interval (Britton & Scalia Tomba 2019; Ali 2020), attributes source via Bayesian source attribution (Mather 2013 DT104; islandR), and reconciles transmission-network reconstruction with epi metadata. Use when investigating outbreaks for who-infected-whom, defining SNP-cluster outbreak definitions, accounting for unsampled intermediates, choosing between outbreaker2 (rich epi data) and TransPhylo (genomic-only after dated phylogeny), running source attribution between host populations, calling HIV-TRACE thresholds appropriate to the local subtype, or distinguishing recent transmission from reactivation in TB / chronic HIV.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Comprehensive quality control for CLIP-seq libraries (eCLIP, iCLIP, iCLIP2, PAR-CLIP) covering library complexity (preseq), FRiP, IDR replicate reproducibility, read-distribution metagene, SMInput vs IgG control rationale, rRNA / snoRNA contamination, fragment-length distribution, and ENCODE-compliance thresholds. Use when assessing whether a CLIP library passed, deciding lenient vs stringent peak thresholds, comparing replicates with IDR rescue and self-consistency ratios, or distinguishing failed IP from over-amplified library.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Use this skill to understand why CSA BASIC alert thresholds differ across carrier types. Covers general freight (65th percentile), passenger/hazmat (60th), and the regulatory rationale.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Detect network reconnaissance and port scanning using Suricata and Snort IDS signatures, threshold-based detection rules, and traffic anomaly analysis to identify Nmap, Masscan, and custom scanning activity.
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aniket2348823/Vul-Agent☆ 22026年6月9日 更新
Spring Bootの変更をビルド、コード解析、テスト、セキュリティ検査で確認するスキル。差分もレビューし、公開・デプロイ前の合否と修正点をまとめます。
- Spring BootのPR前に確認したいとき
- リファクタリングや依存更新後の検証
- テストカバレッジの目標を確認したいとき
affaan-m/ECC☆ 27.8万2026年10月12日 更新
正常に動いている既存機能を新しい仕様へ変更するスキル。テストを先に更新し、実装の修正、レビュー、承認を挟んだコミットまで順に進めます。
- 既存の通知しきい値を変えたいとき
- 動作中の機能を新仕様に合わせたいとき
- 振る舞いの変更前にテストを更新したいとき
affaan-m/ECC☆ 27.8万2026年10月12日 更新
Kotlinのテストを先に書き、KotestとMockKで動作や依存先を検証し、非同期処理のテストからKoverによる網羅率の確認まで進めるスキル。
- 既存のKotlinコードにテストを追加
- テストを先に書いて新機能を作りたいとき
- コルーチンやFlowの動作検証
affaan-m/ECC☆ 27.8万2026年10月12日 更新
サービスの健全性や遅延、処理量、リソース不足を把握するために、運用上の疑問から指標を選び、GrafanaやSigNoz向けの監視ダッシュボードを作ります。
- Kafkaの監視画面を作りたいとき
- Elasticsearchの状態や性能の監視
- API gatewayの遅延やエラーの監視
affaan-m/ECC☆ 27.8万2026年10月12日 更新
Claude Codeのセッション終了時に、エラー解決や修正から再利用できる手順を抽出・保存する旧版スキル。現在は非推奨で、既存環境の互換性確認や仕組みの参照向けです。
- 旧版のセッション終了時設定の確認
- 抽出基準や対象分類の調整
- 保存された学習スキルの見直し
affaan-m/ECC☆ 27.8万2026年10月12日 更新
Comprehensive truth scoring, code quality verification, and automatic rollback system with 0.95 accuracy threshold for ensuring high-quality agent outputs and codebase reliability.
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ruvnet/RuView☆ 9.8万2026年10月13日 更新
Inspect and manage circuit-breaker states, connection cooldowns, quota limits, and backoff levels from the CLI. Reset stuck providers and configure resilience thresholds.
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diegosouzapw/OmniRoute☆ 7.6万2026年10月11日 更新
Manage the LLM response cache. View cache statistics, clear entries, configure TTL policies, and control semantic-similarity caching thresholds.
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diegosouzapw/OmniRoute☆ 7.6万2026年10月11日 更新
One-command drift detection. Composes audit-list + oia-audit + audit-trend into a single primitive — finds the most recent audit in `metaharness-audit` namespace, runs a fresh audit against the current repo, diffs them via ADR-152 §3.1 similarity, and alerts when structural distance crosses `--threshold`. Iter 53 of ADR-150 deep integration.
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ruvnet/ruflo☆ 7.5万2026年10月13日 更新