「lean」の検索結果

Aligns sample metadata with count matrices and constructs design matrices for downstream DE, handling the alphabetical-reference-level trap (relevel BEFORE DESeq), LRT reduced-model rules, the interaction-term resultsNames trap, continuous-covariate scaling and splines, repeated measures via duplicateCorrelation or dream, high-cardinality categorical pseudo-singular designs, sample swap detection via XIST/RPS4Y1 expression and somalier/NGSCheckMate genotypes, SABV (sex-as-biological-variable) mandate, Simpson's-paradox collapsing of technical replicates, and the `~ 0 + group` parameterization for clean contrasts. Use when building a design matrix, troubleshooting reversed fold-change direction, encoding paired or repeated-measures designs, detecting sample swaps, deciding sex-as-covariate, or aggregating technical replicates.

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Download genome assemblies, gene records, and ortholog data from NCBI using the modern Datasets v2 CLI (replaces assembly_summary.txt scraping and many EFetch workflows). Use when bulk-pulling genome assemblies, gene metadata across species, ortholog sets, or BLAST databases; when E-utilities are too slow for genome-scale work; or when automatic checksum verification, parallel download, and clean accession-driven retrieval are required. Encodes the JSON-lines output format, dataformat conversion, --dehydrated for cloud workflows, and when Datasets is/isn't the right tool.

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Trim multiple sequence alignments using ClipKIT, trimAl, BMGE, Divvier, or HMMcleaner with mode selection guidance per downstream goal. Use when removing unreliable columns or contaminating residues before phylogenetic inference, HMM building, or selection analysis.

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集群数据管理 Skill —— 涵盖数据使用规范、压缩优化、数据共享（ACL）、文件扫描与清理、文件完整性校验、genozip 基因组压缩等全流程。Use when the user asks about: managing data on the HPC cluster, compressing genomic files (fq/bam/vcf), sharing data between users/groups, scanning for large files or cleaning up disk space, checking file integrity (md5/gzip/bam), using genozip, checking disk quota, or any data lifecycle management task on the NCPGR HPC cluster.

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The runbook a triage agent follows on each run over the super-admin attention dock, through the attention MCP tool. Use when a scheduled attention-triage routine wakes, when asked to triage, clean up or shrink the attention dock or admin alerts, or when the dock's card is over budget.

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Audits Tailwind CSS usage ensuring mobile-first responsive utilities and clean classes.

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Refactor Spring Boot and Java code to improve maintainability, readability, and adherence to enterprise best practices. This skill transforms messy Spring Boot applications into clean, well-structured solutions following SOLID principles and Spring Boot 3.x conventions. It addresses fat controllers, improper transaction boundaries, field injection anti-patterns, and scattered configuration. Leverages Java 21+ features including record patterns, pattern matching for switch, virtual threads, and sequenced collections.

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Python development best practices: clean code, patterns, type hints, decorators, context managers, and architecture. Trigger: When writing Python code anywhere in the project.

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Schedules reactive frontend states cleanly using entangle directives in PHP and JS.

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Memory consolidation pass: orient on existing memories, gather signal from logs/transcripts, merge updates into topic files, prune index. Use on 'dream', 'consolidate memory', 'clean up memories', 'prune memories', 'memory maintenance', or when memories feel stale.

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A hard-edged writing style contract for timeless, forceful English prose without modern AI tics. Use when users ask for prose or rewrites that must be clean, exact, concrete, and free of AI cadence, filler, or therapeutic tone.

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Build production-grade Azure Cosmos DB NoSQL services following clean code, security best practices, and TDD principles.

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Master proven backend architecture patterns including Clean Architecture, Hexagonal Architecture, and Domain-Driven Design to build maintainable, testable, and scalable systems.

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Fetch any X/Twitter post as clean LLM-friendly JSON. Converts x.com, twitter.com, or adhx.com links into structured data with full article content, author info, and engagement metrics. No scraping or browser required.

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クラウドルーチン（CCR / スケジュールエージェント）を作成し、作成直後に claude.ai が 自動付与する不要な MCP connector を判定して除去する一連の処理。 「ルーチンを作って」「スケジュールエージェントを作成」「routine 作成して connector を整理」等で使う。 明らかに不要な connector は確認なしで外す。作成は /schedule のスキーマに従う。

Systematically evaluate weak, stale, or low-conviction theses for upgrade, monitoring, or closure. Use when user says "prune", "kill list", "clean up theses", "what should I close", or "reduce portfolio".

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Read-only sanity-check of EcoSIM plant_trait.*.desc parameter values for the first grid. Use when validating plant trait description files, enforcing clean C3/C4 physiological parameterization, reviewing photosynthetic kinetics, active leaf/root protein allocation, and root hydraulics such as RSRR, RVSR, and ARSRA, or checking ranges, units, and woody/herbaceous block consistency before running EcoSIM. Never edit or replace the `.desc` file.

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Straightforward, no-frills design with clean typography, neutral colors, and intuitive layouts that stay out of the way.

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Warm editorial, print-leaning document design system — parchment background, single ink-blue accent, serif-led hierarchy (LXGW WenKai for Chinese, Charter for English). For résumés, reports, white papers, letters, and editorial reading pages that should feel authored and published. Not a product-UI / component system.

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Paper-textured, print-inspired design with minimal colors, clean serif/sans typography, and tactile surface qualities.

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Clean, high-contrast enterprise design for data-driven workflows with intuitive drag-and-drop patterns and structured layouts.

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Contemporary editorial style with serif typography, minimal palettes, and clean layouts for polished digital products.

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Stripped-back design emphasizing whitespace, clean typography, and restrained color for maximum clarity and focus.

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Modern minimalist aesthetic with clean lines, intentional color palette, subtle interactions, and consistent spacing.

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