Identify differentially accessible chromatin regions across conditions using DiffBind, csaw, DESeq2, or edgeR. Use when comparing ATAC-seq accessibility between treatment groups, choosing between consensus-peak vs sliding-window approaches, picking the correct normalization (full library vs reads-in-peaks), correcting batch with SVA/RUVseq, or interpreting log2FC and FDR thresholds in a chromatin context.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Detect transcription factor binding footprints in ATAC-seq using TOBIAS, HINT-ATAC, Wellington, or scprinter. Use when identifying bound TF sites within accessible regions, correcting Tn5 insertion bias before footprinting, choosing between cleavage-based and aggregate-based footprinters, or comparing differential TF activity between conditions.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
WheatOmics 平台(wheatomics.sdau.edu.cn)数据查询技能。当用户需要查询小麦/麦族基因信息、表达谱、共表达、蛋白互作、同源与共线性、序列获取、BLAST、GO/KEGG 富集、变异数据、文献检索或引物设计时使用。
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Analyze TF motif accessibility variability across samples or single cells using chromVAR. Use when identifying TF motifs whose accessibility correlates with conditions, computing per-sample motif z-scores after matched background correction, comparing to ArchR / Signac equivalents, or distinguishing motif-accessibility signal from per-site footprinting.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Map nucleosome center positions, occupancy, and fuzziness from ATAC-seq fragment-size patterns using NucleoATAC, ATACseqQC, DANPOS3, or scprinter. Use when characterizing nucleosome organization at promoters and enhancers, calling +1/-1 nucleosomes flanking NFRs, generating V-plots for chromatin structure visualization, or comparing nucleosome positioning between conditions.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Mark and remove PCR/optical duplicates using samtools fixmate and markdup. Use when preparing alignments for variant calling or when duplicate reads would bias analysis.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Create and use BAI/CSI indices for BAM/CRAM files using samtools and pysam. Use when enabling random access to alignment files or fetching specific genomic regions.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Use when users need bioinformatics analysis on the NCPGR cluster, especially when converting analysis requests into local software choices, resource plans, and LSF job scripts.
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peacezha/HPClaw☆ 32026年10月11日 更新
Use this skill when selecting a TPR-registered Training Provider for behind-the-wheel ELDT training. Covers the registry, evaluation criteria, and common pitfalls.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks about CMV oilfield operations — the 24-hour restart exemption (49 CFR 395.1(d)), oilfield-specific HOS rules, hot oil hauling, specialty equipment (winch trucks, kill trucks, frac sand haulers, water haulers), Texas Railroad Commission permitting, oilfield insurance specifics, and how oilfield operations differ from standard OTR trucking. Cite 49 CFR 395.1(d).
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill to understand defensive driving course expectations for CMV drivers. Covers federal vs state vs carrier-specific requirements.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks about refrigerated (reefer) trucking — cold chain compliance, FDA temperature recording requirements, Sanitary Transportation Rule (STR / 21 CFR 1.900-1.934), commodity-specific temperature ranges, refrigeration unit operation, temperature recorder calibration, and how a load is challenged if temperature deviates. Cite 21 CFR Part 1 Subpart Q.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill to evaluate document retention software options. Covers compliance features, ease of use, integration, and cost.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks about the financial differences between being an owner-operator vs company driver — gross pay, expenses, net pay, capital requirements, risk tolerance, lifestyle, and how to evaluate the path. Reference industry pay surveys.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill for record retention after a driver leaves your employment. Covers when records can be destroyed vs retained for cause.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill for training drivers on effective pre-trip inspection technique. Covers the comprehensive walk-around, time investment, and common areas drivers miss.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use when a carrier or driver asks about winter trucking, snow chain requirements, hot-weather precautions, summer tire failures, fuel additive use (anti-gel), idle management in extreme temperatures, weight restrictions in spring thaw, or how seasonal demand patterns affect freight rates and capacity.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when documenting supervisor reasonable-suspicion training for Part 382 compliance. Covers what to log, what to retain, and what training providers to use.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks the cost of pulling a Motor Vehicle Record (MVR) in a specific state, or wants to compare MVR fees across multiple states, or is budgeting annual compliance costs for a multi-state fleet. Reference the canonical fee table below; flag that fees change (re-verify with state DMV before annual budget planning).
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use when a carrier asks about trailer types — dry van, reefer, flatbed, step-deck, conestoga, tanker, dump, lowboy, intermodal chassis, auto-hauler. Covers length / weight rules, common specs, reefer unit options (Carrier vs Thermo King), liftgate options, kingpin setting, and trailer-to-tractor matching.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use when a carrier is evaluating ELD / telematics / dashcam platforms and needs an objective comparison of Samsara, Motive (formerly KeepTruckin), and Geotab. Covers ELD compliance, AI dashcams, driver scoring, integrations, pricing structure, and which fleet profile suits which platform.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill to understand FMCSA tire tread depth requirements. Covers steer tires (4/32 minimum) and other axles (2/32 minimum), and how to measure correctly.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks about weigh-station bypass services — Drivewyze, PrePass, BestPass, NORPASS, OOIDA toll savings — how they work, eligibility criteria, costs, and how they tie into CSA scores. Reference each provider's coverage area + pricing.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新
Use this skill when the user asks about trucking insurance — types of coverage (commercial auto, cargo, occupational accident, workers comp, bobtail/non-trucking, MCS-90 endorsement), federal minimums (49 CFR 387), what each covers, owner-operator vs company-driver implications, and how to read a Certificate of Insurance (COI). Cite 49 CFR 387.
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x3allamerican/skills☆ 32026年5月17日 更新